カガクをツタエル活動を続けて ─極小物質から生命に迫る(室蘭,...
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本間善夫( ecosci.jp)北海道室蘭栄高等学校( 2014/06/20 )
http://www.ecosci.jp/
カガクをツタエル活動を続けて─ 極小物質から生命に迫る
本間善夫( ecosci.jp)北海道室蘭栄高等学校( 2014/06/20 )
http://www.ecosci.jp/
カガクをツタエル活動を続けて─ 極小物質から生命に迫る
http://www.nasa.gov/topics/people/features/hayanon.html
化学コミュニケーション賞 2013
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2013運営を協力している公民館カフェ記事
化学コミュニケーション賞 2013
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サイエンスアゴラ出展
化学コミュニケーション賞 2013
これまで ecosci.jp の URL ・コンテンツや著書などが紹介された書籍例(共著書含む)
化学コミュニケーション賞 2013
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化学コミュニケーション賞 2013
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◆STEM 教育って !?
http://diamond.jp/articles/-/50930
http://blogs.edweek.org/edweek/curriculum/2012/02/president_obama_hosted_his_sec.html
https://www.youtube.com/watch?v=VP02PG3cD4Y
http://www.seidosha.co.jp/index.php?9784791767175
S (サイエンス=科学)T (テクノロジー=技術)E (エンジニアリング=工学)M (マセマティクス=数学)
http://www.nikkei.com/article/DGXNASGM2800F_Y4A520C1EAF000/
◆“ 生命を知り生命に学ぶ”;物化生地
http://www.ecosci.jp/life/
ヒト約 60 兆個の細胞
“ 動物細胞には約 1 万種類,数にして約 100 億個のタンパク質分子が存在し,…”
http://www.newtonpress.co.jp/other/cell.html p.695
37
◆ 私たちは分子で動いている !?
http://www.nhk.or.jp/zero/contents/dsp468.html
http://www.ecosci.jp/chem18/oxytocin.html
“ 愛情ホルモン”オキシトシン
◆ 私たちは分子で動いている !?
http://www.nhk.or.jp/zero/contents/dsp468.html
http://www.ecosci.jp/chem18/oxytocin.html
“ 愛情ホルモン”オキシトシン
http://news.mynavi.jp/news/2014/06/17/069/
◆ 極小物質…
http://www.lukejerram.com/glass/gallery/t4-bacteriophage
http://www.k4.dion.ne.jp/~soilshop/papeclftfageT4.html
http://www.ecosci.jp/chem10/weekmol093j.html
http://stw.mext.go.jp/series.html
http://www.rcsb.org/pdb/101/static101.do?p=education_discussion/educational_resources/index.html
http://map.gsfc.nasa.gov/resources/cmbimages.html
核図表レゴ(理研)
http://www.rarf.riken.go.jp/pub/enjoy/kakuzu/
一家に 1 枚周期表(文部科学省)http://www.mext.go.jp/a_menu/kagaku/week/1298266.htm
◆ 周期表( C の秘密)
Jmol カラー周期表で見る原子炉内のおもな放射性核種となる元素※ 引用:岩波新書「原発を終わらせる」 p.76
◆ 生体分子の構造はどうやってわかるの ?
※ 生体分子の構造決定に用いる機器の例( X 線回折法)… 日本コンピュータ化学会年会 2007 秋季年会で見学した SPring-8 で撮影
ロザリンド・フランクリンらによる X 線回折写真Molecular Configuration in Sodium Thymonucleate Franklin R. and Gosling R.G.Nature 171, 740-741 (1953)
http://www.jaxa.jp/article/special/experiment/sato01_j.html
# 災害。 # 新潟。
◆ 生体分子の構造はどうやってわかるの ?
※ 生体分子の構造決定に用いる機器の例( X 線回折法)… 日本コンピュータ化学会年会 2007 秋季年会で見学した SPring-8 で撮影
ロザリンド・フランクリンらによる X 線回折写真Molecular Configuration in Sodium Thymonucleate Franklin R. and Gosling R.G.Nature 171, 740-741 (1953)
http://www.jaxa.jp/article/special/experiment/sato01_j.html
https://www.facebook.com/media/set/?set=a.416653278358070.87786.132246190132115
◆ 生体分子となかよく !
https://www.googlesciencefair.com/ja_ALL/2013/
世界結晶年 2014
http://www.pdb.org/
https://student.societyforscience.org/intel-sts
https://www.facebook.com/media/set/?set=a.416653278358070.87786.132246190132115
◆ 生体分子となかよく !
https://www.googlesciencefair.com/ja_ALL/2013/
世界結晶年 2014
http://www.pdb.org/
https://student.societyforscience.org/intel-stshttp://education.pdb.org/videochallenge/index.php
https://www.facebook.com/media/set/?set=a.416653278358070.87786.132246190132115
◆ 生体分子となかよく !
https://www.googlesciencefair.com/ja_ALL/2013/
世界結晶年 2014
http://www.pdb.org/
https://student.societyforscience.org/intel-stshttp://education.pdb.org/videochallenge/index.php
http://en.wikipedia.org/wiki/Bedaquiline
◆ オリジナルの着色でタンパク質を見る
“ 水と油”で見る 20 種類のアミノ酸アミノ酸
特性基 R hydropathy
極性 log P酸性・塩基性 極性・非極性 Cleft の分類 等電点
O I I/O index
Ile I イソロイシン 80 0 0 4.5 5.2 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02
Leu L ロイシン 70 0 0 3.8 4.9 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98
Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96
Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00
Phe Fフェニルアラニン 140 15 0.107 2.8 5.2 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48
Pro P プロリン 60 10 0.167 -1.6 8.0 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30
Met M メチオニン 100 20 0.200 1.9 5.7 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74
Cys C システイン 60 20 0.333 2.5 5.5 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -0.9 5.4 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -1.3 6.2 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66
Lys K リシン 80 70 0.875 -3.9 11.3 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74
Gly G グリシン 0 0 - -0.4 9.0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97
His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.2 10.4 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59
Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.5 10.5 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76
Thr T トレオニン 40 100 2.500 -0.7 8.6 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16
Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.5 12.3 -3.69 酸性 極性(酸性) Negative 3.22
Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.5 10.5 -3.64 中性 極性(中性) Neutral 5.65
Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性 極性(酸性) Negative 2.77
Ser S セリン 20 100 5.000 -0.8 9.2 -3.07 中性 極性(中性) Neutral 5.68
Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.5 11.6 -3.82 中性 極性(中性) Neutral 5.41
http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html
◆ 今ブームの“深海”と分子,そして生命誕生
しんかい 6500 原寸模型(日本科学未来館&深海展)
タカアシガニ(すみだ水族館&深海展)
http://www.nhk-p.co.jp/tenran/20130109_121304.html
http://deep-sea.jp/highlights/
◆ 今ブームの“深海”と分子,ヘモグロビン
PDBj 今月の分子http://pdbj.org/mom?id=41
ヘモグロビンの大きさ比べ(左:チューブワーム 右:ヒト)
http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
サツマハオリムシ由来ヘモグロビン 3WCT
◆ 生命の誕生の場は? 《ミュージアム》
「生命の跳躍」, p.393それでも、ストロマトライトを構成する青緑色の細菌「シアノバクテリア」は、すでに微量だがその危険なガスを大気に加えはじめていた。
国立科学博物館展示
日本科学未来館展示
「生命の跳躍」, p.34痕跡化した熱水孔と同様,顕微鏡サイズの小部屋の壁が鉄硫黄化合物でできており,触媒の役目も果たしていた。
鉄硫黄クラスターを含む PDBデータ 2WQYhttp://www.ecosci.jp/s/bm_m_SF4.html
◆ タンパク質の 1次構造~ 4次構造
RCSB PDBhttp://www.pdb.org/
pdb/
http://www.youtube.com/watch?v=qBRFIMcxZNM
◆ タンパク質の 1次構造~ 4次構造
http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
http://www.chart.co.jp/software/tab/ipad/sample.html
◆ タンパク質の 1次構造~ 4次構造
http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
◆ ヘモグロビンくらべ
マンモスのヘモグロビン ハツカネズミのヘモグロビンhttp://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html
Genetics/ 生命の連続性 - データベース高度利用者養成http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/pukiwiki/Genetics/%C0%B8%CC%BF%A4%CE%CF%A2%C2%B3%C0%AD.html
http://www.nicovideo.jp/watch/1334128459
◆光合成 ;光化学系 II
酸素発生中心の詳細な化学構造http://www.ecosci.jp/s/bm_m_ps2.html
光合成光化学系 II の構造例 3ARCの Chain A
光化学系 II
光化学系 I
http://www.ecosci.jp/N/
光合成反応中心 -集光アンテナタンパク質複合体 PDBデータ 3WMM
http://www.spring8.or.jp/ja/news_publications/press_release/2014/140327_2/
◆光合成 ;最近解明されたタンパク質構造
http://www.nature.com/nature/journal/v508/n7495/full/nature13197.html
◆2012 年 ノーベル化学賞; GPCR
http://www.nobelprize.org/
G タンパク質共役受容体
http://gpcr.scripps.edu/
http://www.ecosci.jp/moldic/
http://www.ecosci.jp/GPCR/
◆2012 年 ノーベル化学賞; GPCR
http://www.nobelprize.org/
G タンパク質共役受容体
http://gpcr.scripps.edu/
http://www.ecosci.jp/moldic/
http://www.ecosci.jp/GPCR/http://gpcr.scripps.edu/tracking_status.htm
◆2012 年 ノーベル生理学医学賞; iPS 細胞
http://pdbj.org/mom?id=112 http://www.asahi.com/news/intro/TKY201210080380.html
http://stw.mext.go.jp/series.html
http://www.ecosci.jp/pdb/iPS_1gt0.html
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2013/
◆2013 年ノーベル化学賞;計算化学
http://www.zcorp.com/jp/Products/3D-Printers/ZPrinter-450/spage.aspx
㊙スタジオミダス提供の分子模型製作中の写真
◆ 研究・教育分野でも広がる 3D プリンタ利用
サイエンスセミナー in 江戸川大学( 2013/08/23 )http://www.edogawa-u.ac.jp/news/130710_2.html
◆ 全国科学紀行;札幌◎これからの生活と環境・生命・カガク・ ICT (第 50 回北海道高等学校教育研究会 家庭部会 , 2013/01/10 )
http://www.ecosci.jp/
◆ 全国科学紀行;福岡市◎サイエンスカフェにいがた福岡遠征版『世界最先端の 3D プリンタ製タンパク質模型に触ってみよう』( 2013/10/17 )
http://www.ecosci.jp/
◆ 全国科学紀行(予定);函館
◆ カガクと計算
宇宙,物質,生命,地球環境,社会,…http://www.iwanami.co.jp/moreinfo/011301+/top.html
http://www.aics.riken.jp/shirutsudoi/meeting14.html
◆3D 分子を見よう! PC でもスマホでもタブレットでも !!
Winmostar 開発の分子ビューアで, ecosci.jp 提供の分子データを参照できます!
【試行中】 Googleドライブと Chem3D for iPad で分子を見る!
化学コミュニケーション賞 2013
迅速性協調・連携・双方向性継続性
今後はエコサイと読んでいただければ…
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