agua pruebas bioquimicas

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MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL UTL ASESORA: Página 1/16 ÁREA DE SUSTENTABILIDAD PARA EL DESARROLLO PROGRAMA ACADÉMICO DE QUÍMICA ESPECIALIDAD TECNOLOGIA AMBIENTAL GRUPO QU-304 MATERIA MICROBIOLOGIA AMBIENTAL TITULO AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN DE MICROORGANISMOS DE LA MATRIZ AMBIENTAL: ____AGUA_______ ASESORA Dr. ROSA RICO MATA DATOS DE IDENTIFICACIÓN DE LOS ANALISTAS Fecha de inicio del análisis: 30 de Junio de 2015 Fecha de término: 9 de Julio de 2015 Nombre Cargo Alma Viridiana Torres Barco Responsable Nataly Ornelas Rodríguez Administrador Blanca Fabiola González Martínez Laboratorista 1 Aide Sarahi Pérez Serna Laboratorista 2 Eduardo Emmanuel Flores Ojeda Laboratorista 3 GENERACIÓN: 2014-2016

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El presente trabajo se realizo para la detección de Shigella en una muestra de agua, dicha muestra obtenida de la Presa Blanca, León, Gto, México.

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ÁREA DE SUSTENTABILIDAD PARA EL DESARROLLO

PROGRAMA ACADÉMICO DE QUÍMICA

ESPECIALIDAD TECNOLOGIA AMBIENTAL

GRUPO

QU-304

MATERIA

MICROBIOLOGIA AMBIENTAL

TITULO

AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN DE MICROORGANISMOS

DE LA MATRIZ AMBIENTAL: ____AGUA_______

ASESORA

Dr. ROSA RICO MATA

DATOS DE IDENTIFICACIÓN DE LOS ANALISTAS

Fecha de inicio del análisis: 30 de Junio de 2015

Fecha de término: 9 de Julio de 2015

Nombre Cargo

Alma Viridiana Torres Barco Responsable

Nataly Ornelas Rodríguez Administrador

Blanca Fabiola González Martínez Laboratorista 1

Aide Sarahi Pérez Serna Laboratorista 2

Eduardo Emmanuel Flores Ojeda Laboratorista 3

GENERACIÓN: 2014-2016

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DATOS DEL SITIO EN ESTUDIO

1.- Breve descripción del estatus ambiental del sitio de estudio: La Presa Blanca se ubica en el estado mexicano de Guanajuato en el municipio de León, localizado en una altura de 1784 metros sobre el nivel del mar. En León se cuenta con una presa de aguas negras y residuales (Presa Blanca) donde desembocan todo tipo de desechos industriales y domésticos, el agua de dicha presa se conduce a través de un canal a cielo abierto, hacia las Comunidades de Santa Rosa, Plan de Ayala y San Pedro del Monte y su destino final es para el riego de alfalfa y lechuga, estas aguas están fuertemente contaminadas química y bacteriológicamente, al no sufrir ningún tratamiento de remediación.

SITIO DE MUESTREO

Nombre Ubicación /coordenadas GPS

Imagen de mapa satelital

“Presa Blanca”

Municipio León del Estado de Guanajuato México Las coordenadas GPS: Longitud (dec): -101.698333 Latitud (dec): 21.088889

2. Evidencia fotográfica del sitio Fecha: 06/11/2015 Hora: 10:30 AM

Fecha: 06/11/2015 Hora: 12:00 PM

DATOS DE LAS MUESTRAS A ANALIZAR

1. Identificación

Matriz ambiental:Agua Hora de toma de muestra:12:00 Hora de siembra:12:43

Punto de Muestreo (ubicación /coordenadas GPS): Presa Blanca 21°05'17.1"N 101°42'58.0"W

Tiempo de exposición (aplica solo para muestra de aire)

Nombre del/ los analistas que tomaron la muestra: Alma Viridiana Torres Barco y Nataly Ornelas Rodríguez

Nombre del/ los analistas que sembró la muestra: Alma Viridiana Torres Barco y Eduardo Flores Ojeda

2.Parámetros Fisicoquímicos

Color: Café Temperatura (oC) ambiental:29°C pH: 8

Olor: Fétido Describir condiciones climatológicas:El día era soleado

3. Evidencia fotográfica del sitio de toma de muestra

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AISLAMIENTO DE MICROORGANISMOS

1. Justificación del proceso para la identificación bacteriana

Toda la gama de procedimientos y pruebas dedicadas a la identificación de bacterias se basa principalmente en el uso de medios selectivos y pruebas bioquímicas, que nos indiquen una serie de características metabólicas, donde estas en conjunto, nos permitan diferenciar bacterias de alguna otra que se le asemeje. Estos van desde los simplemente descriptivos (morfología colonial, presencia pared celular), pasando por pruebas bioquímicas más complejas para detección de productos metabólicos o de una determinada reacción enzimática, sin embargo hay ciertos aspectos que debemos tomar en cuenta para saber que pruebas se realizaran, las cuales se basan en; Origen de la cepa, condiciones bajo las que ha sido aislada, morfología, posibilidad de formación de poros y de capsula. Y así, con estas pruebas, bajo el criterio de reacciones negativas o positivas tenemos la capacidad de ir identificando grupos de bacterias de una enorme lista.

2. Dos medios de siembra (Nombre y Composición)

SALMONELLA SHIGELLA AGAR MAC CONKEY AGAR Reactivo Cantidad

Pluripeptona 5gr

Extracto de carne 5gr

Lactosa 10gr

Mezcla de sales biliares

8.5gr

Citrato de sodio 8.5gr

Tiosulfato de sodio 8.5gr

Citrato férrico 1gr

Agar 13.5

Verde brillante 0.00033gr

Rojo neutro 0.025

Reactivo Cantidad

Peptona de carne 1.5gr

Peptona de gelatina 17gr

Tripteina 1.5gr

Lactosa 10gr

MezcladesalesbiliaresN°3 1.5gr

Cloruro de sodio 5gr

Rojo neutro 0.003

Cristal violeta 0.001

Agar 13.5

Morfología Colonial (Medio 1) Morfología Colonial (Medio 2)

Descripción Las colonias sospechosas de Shigella crecidas en AgarSalmonella-Shigella son transparentes, translúcidas u opacas y suelen ser lisas. En este medio las colonias de otros microorganismos que fermentan la lactosa (coliformes) son colonias rojizas y en muchos casos mucoides.

Descripción Las colonias sospechosas de Shigella en Agar MacConkey son incoloras y transparentes. En este medio las colonias de otros microorganismos que fermentan la lactosa (coliformes) son colonias rojizas.

Imagen

Imagen

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3. Dos Medios selectivos de resiembra (Nombre y Composición)

AGAR XILOSA-LISINA-DESOXICOLATO LISINA HIERRO AGAR Reactivo Cantidad

Extracto de levadura 3g

Xilosa 3.75g

L-Lisina 5g

Desoxicolato sódico 2.50g

Lactosa 7.50g

Sacarosa 7.50g

Cloruro sódico 5g

Tiosulfato sódico 6.80g

Citrato férrico amónico 0.80g

Rojo fenol 0.80g

Agar 15g

Agua destilada 1000mL

Reactivo Cantidad

Peptona de gelatina 5.0

Extracto de levadura 3.0

Glucosa 1.0

Lisina 10.0

Citrato de hierro y amonio 0.5

Tiosulfato de sodio 0.04

Púrpura de bromocresol 0.02

Agar 15.0

Morfología Colonial (Medio 1) Morfología Colonial (Medio 2)

Descripción

Las colonias sospechosas de Shigella crecidas sobre Agar Xilosa Lisina Desoxicolato (XLD) son transparentes y del mismo color que el medio de cultivo (rojo).

Descripción Las colonias sospechosas de Shigella crecidas sobre

Lisina Hierro Agar son amarillo/verdoso el color del

medio del cultivo cambio

Imagen

Imagen

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4. Procedimiento de Aislamiento (describir detalladamente la cantidad de materiales y los pasos a seguir)

Materiales/Reactivos/Medios de cultivo/ Equipo a utilizar

1 Matraz Erlenmeyer de 250ml 1 Agitador 1 Vidrio de reloj 1 Espátula 1 Salmonella Shigella Agar 1 Autoclave y/o olla express 1 Parrilla 1 Incubadora 1Campana de esterilización 1 Balanza analítica

Preparar medios de cultivo: para dos cajas Petri

1. Pesar 0.72 gr de Salmonella Shigella Agar y pasar a un matraz Erlenmeyer de 250ml 2. Agregar 30 mililitros de agua, diluir el agar en el agua destilada y colocar el tapón de algodón 3. Colocar una capucha de aluminio y etiquetar 4. Esterilizar en la olla el agar a 121°C por 15min a 15 lb de presión 5. Dejar enfriar el agar a temperatura ambiente 6. Pasar el agar a 2 cajas de Petri estériles 7. Dejar incubar 24hrs a 35 + 2°C 8. Dividir una de la caja Petri que contiene el cultivo en 2 partes para la colonia 1 y colonia 2 9. Tomar 2 colonias por separado de color rosa aislada 10. Sembrar una colonia de cada lado del cuadrante en forma de estría 11. Incubar por 24hrs a 35 + 2°C 12. Tomar el lado con mayor crecimiento 13. Realizar la marcha bioquímica establecida

Pasos para el aislamiento del microorganismos (siembra, selección de la colonia y resiembra): Siembra: Investigación de en que matriz puede desarrollarse mejor la bacteria que se quiere aislar. Esterilización del material: 1. Empapelar 3 cajas Petri, pipetas, y preparación de tapones para los matraces a utilizar para la esterilización del agar (solo de ser necesario). 2. Esterilizar el material en autoclave u olla de presión. Preparación del agar: 1. Checar en el frasco del agar su preparación. 2. Realizar cálculos de cuantos mililitros se utilizaran por cada caja Petri para la siembra y resiembra de la bacteria. 3. Calcular cuántos gramos se debe pesar de agar para los mililitros necesarios para las cajas de acuerdo a la fórmula del frasco del agar. 4. Pesar los miligramos de agar y disolverlos en agua destilada.

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5.Verificar las instrucciones del fabricante en el frasco contenedor del medio si es necesario esterilizar en autoclave.. 6. Vertí r aproximadamente 20 ml de agar a cada una de las cajas Petri. 7. Esperar que el agar gelifique Siembra de la muestra de agua: 1. Con una pipeta estéril de 5 ml se toma un mililitrito de muestra de agua. 2. Se vierte sobre la caja Petri que contiene el agar. 3. Se agita la placa con 6 movimientos a la derecha, 6 a la izquierda y 6 de arriba a abajo. 4. Se mete a incubar por 24 h o 48 h a 370C esto dependerá de la bacteria. Selección de la colonia:

1. Verificar si en la caja del agar hay una colonia con estas características. 2. En caso de que la colonia que se quiere aislar no se encuentra en el cultivo donde se sembró, se debe

de averiguar qué fue lo que hizo que no creciera en ese agar. 3. Volver a sembrar la colonia haciendo los ajustes necesarios de selección de medio.

Resiembra de la colonia:

1. Flamear el asa de nicromo para su esterilización. 2. Se debe de seleccionar dos colonias con las características ya elegidas anteriormente, marcar la caja

por debajo con un plumón las dos colonias enumerarlas como 1 y 2. 3. La caja petri donde se resembraran las colonias seleccionadas se divide en dos cuadrantes con un

plumón por la parte de abajo y se enumeran colonia 1 y 2. 4. Con un asa de nicromo se toma una de las colonias seleccionadas y se siembra en el número

correspondiente. 5. Se realiza en forma de estrías e tal forma que las líneas queden cerradas unas de las otras, girarla

caja 90° y realizar una vez más hasta estriar toda la caja.

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5. Esquema del Perfil bioquímico (metabólico ) para la identificación del microorganismo seleccionado

Muestra presa Blanca

Tinción de gram

R= + R= -

Prueba de capsula

R= -

R= +

Prueba de RM-VP

R= + R= -

Prueba movilidad

R= -

R= +

Prueba de indol

R= -

R= +

Producción de H2S

R= -

R= +

R= -

R= +

Prueba de catalasa

Prueba de lactosa

R= -

R= +

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RESULTADOS DEL AISLAMIENTO E IDENTIFICACIÓN

1. EVIDENCIA FOTOGRAFICA DEL CULTIVO DE LA MUESTRA (SIEMBRA)

Salmonella Shigella Agar

Salmonella Shigella Agar

2. MORFOLOGÍA COLONIAL OBSERVADA Tipo de colonia 1: Descripción

Se puede apreciar en la imagen que la colonias rosadas son las que presuntivamente son Shigella se puede observar que las colonias son puntiformes con borde entero, con elevación convexa y de un color rosa.

FOTO 1

Tipo de colonia 1: Descripción

Se puede apreciar en la imagen que las colonias son rizoides con borde ondulado, con una forma elevada con una superficie lisa brillante y de color amarillo.

FOTO 2

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3. EVIDENCIA FOTOGRAFICA DEL CULTIVO PURO ( RESIEMBRA)

FOTO 1

Salmonella Shigella Agar

FOTO2

Salmonella Shigella Agar

4. MORFOLOGIA COLONIAL OBSERVADA

Descripción

Se puede apreciar (foto 1 y 2) que la colonias rosadas son las que presuntivamente son Shigella se puede observar que las colonias son puntiformes ya que mide menos de 1 mm.

Con borde entero ya que sus colonias se observan redondas completamente.

Tienen una elevación convexa y de color rosa.

FOTO 1

FOTO 2

FOTO 3

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5. EVIDENCIA FOTOGRÁFICA DEL RESULTADO DEL PERFIL BIOQUÍMICO

Nombre de la prueba

Medio de cultivo utilizado

Resultado obtenido (positivo/negativo)

Evidencia fotográfica

1.-TINCION DE GRAM

------------------------- NEGATIVO

Fundamento de la prueba

Es el proceso por el cual las moléculas de un colorante se adsorben a una superficie. El uso de colorantes permite cambiar el color de las células de los microorganismos y poder realizar la observación en microscopio óptico. Dado que las bacterias son casi incoloras, no presentan contraste con el medio en el cual se encuentran suspendidas y no pueden observarse claramente sin algún tratamiento previo. De acuerdo a la reacción que ocurre, existen diferentes tipos de tinción

2.-CAPSULA

----------------------- NEGATIVO

Fundamento de la prueba Los citocromos son Hemoproteinas que contienen hierro y actúan como el último eslabón de la cadena respiratoria aerobia, transfiriendo electrones (Hidrogeno) al oxigeno, con formación de agua. El sistema citocromo se encuentra en los organismos aerobios o anaerobios facultativos, de modo que la prueba de Oxidasa es importante para identificar aquellos organismos que carecen de esta enzima (anaerobios obligados). La prueba es muy útil para diferencia Enterobacterias (Todas Oxidasa negativas) de otras especies como Pseudomona o Neisserias gonorrhoeae oxidasa positiva.

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3.- Prueba de Rojo

de metilo

Agar RM-VP POSITIVO

Fundamento de la prueba

En el medio de cultivo, la pluripeptona aporta los nutrientes necesarios para el desarrollo bacteriano y la glucosa es el hidrato de carbono fermentable. La glucosa puede ser metabolizada por los microorganismos, a través de distintas vías metabólicas. Según la vía utilizada, se originarán productos finales ácidos (ácido láctico, ácido acético, ácido fórmico), o productos finales neutros (acetil metil carbinol).Esta diferencia en el metabolismo bacteriano, podría ser reconocida por la adición de un indicador como rojo de metilo, para revelar la presencia de productos ácidos, y por la adición de alfa naftol e hidróxido de potasio para evidenciar la presencia de productos finales neutros.

4.-PRUEBA DE MOVILIDAD

(INDOL, MOVILIDAD Y

PRODUCCIÓN DE H2S)

MEDIO SIM INDOL- NEGATIVO MOVILIDAD- NEGATIVO PRODUCCION DE H2S-

NEGATIVO

Fundamento de la prueba El triptófano es un aminoácido constituyente de muchas peptonas, y particularmente de la tripteína, que puede ser oxidado por algunas bacterias para formar indol. En el proceso interviene un conjunto de enzimas llamadas triptofanasa. El indol producido se combina con el aldehído del reactivo de Kovac´s o de Erlich, para originar un compuesto de color rojo. Las cepas móviles pueden apreciarse en este medio, por la turbidez que producen alrededor de la punción de siembra, mientras que aquellas cepas productoras de sulfhídrico se distinguen por la formación de un precipitado negro de sulfuro de hierro a partir del tiosulfato siempre que el medio se mantenga a un pH mayor a 7.2.

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5.-PRODUCCION DE H2S

AGAR TSI NEGATIVO

Fundamento de la prueba En el medio de cultivo, el extracto de carne y la pluripeptona, aportan los nutrientes adecuados para el desarrollo bacteriano. La lactosa, sacarosa y glucosa son los hidratos de carbono fermentables. El tiosulfato de sodio es el sustrato necesario para la producción de ácido sulfhídrico, el sulfato de hierro y amonio, es la fuente de iones Fe3+ , los cuales se combinan con el ácido sulfhídrico y producen sulfuro de hierro, de color negro. El rojo de fenol es el indicador de pH, y el cloruro de sodio mantiene el balance osmótico. El agar es el agente solidificante. Por fermentación de azúcares, se producen ácidos, que se detectan por medio del indicador rojo de fenol, el cual vira al color amarillo en medio ácido. El tiosulfato de sodio se reduce a sulfuro de hidrógeno que reacciona luego con una sal de hierro proporcionando el típico sulfuro de hierro de color negro.

3 INDOL

Agua peptona Negativo }

Fundamento de la prueba La prueba de indol es un ensayo cualitativo utilizado para diferenciar microorganismos en base a la capacidad para separar indol a partir de L-triptofano. Es necesario el crecimiento previo del microorganismo en estudio en medios de cultivo con alto contenido de L-triptofano, como ser los medios semisólidos SIM Medio y MIO Medio o el medio líquido Agua Triptona. Al agregar el reactivo de Ehrlich al medio de cultivo, el indol generado se combina con el grupo aldehído del p-dimetilamino benzaldehido del reactivo incorporado y se forma un complejo de color rojo.

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8.- CITRATO

Agar Citrato de Simmons

Negativo

Fundamento de la prueba

El citrato de sodio es una sal del acido cítrico, un compuesto orgánico simple que constituye uno de los metabolitos del ciclo de los ácidos tricarboxilicos. Generalmente los microorganismos que emplean el citrato como única fuente de carbono, utilizan sales de amonio como única fuente de nitrógeno. El metabolismo del citrato realizado, por algunas bacterias se realiza por el ciclo de krebs y requiere el desdoblamiento del citrato por la enzima citritasa (citrato-oxalacetato-liasa o citrato desmolasa) en presencia de magnesio o manganeso y de transportadores como citrato permeasas. La citritasa actúa sobre el citrato produciendo acido oxalacetico y acetato; productos que son convertidos enzimaticamente a piruvato y dióxido de carbono. Durante esta reacción el medio comienza a alcalinizarse por el CO2 que se genera, el cual se combina con el agua y el sodio para formar Carbonato un producto alcalino, este carbonato da la alcalinidad que produce el cambio de color del indicador de pH del medio de verde a azul Prusia oscuro (indicador: azul de bromotimol, amarillo a pH< de 6.0 y azul a pH > de 7.6). El medio incluye citrato como única fuente de carbono y fosfato de amonio como única fuente de nitrógeno.

9.-CATALASA

----------------------- POSITIVO

Fundamento de la prueba El peróxido de hidrógeno se forma como un producto terminal oxidativo de la descomposición aeróbica de los azúcares. Si se deja acumular, el peróxido de hidrógeno es tóxico para las bacterias, por lo que deben tener el enzima catalasa, que lo descompone a agua y oxígeno. H2O2 + H2O2 O2 + H2O

catala

sa

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10.-PRUEBA DE FERMENTACION

DE LACTOSA

CALDO LACTOSADO

NEGATIVO

Fundamento de la prueba

El medio Caldo Lactosado es rico en nutrientes, y no contiene inhibidores del crecimiento bacteriano. El extracto de carne y la peptona, son la fuente de carbono y nitrógeno, mientras que la lactosa es el hidrato de carbono. Por la fermentación de la lactosa llevada a cabo por la enzima beta-galactosidasa , se produce ácido y gas, y éste último se demuestra al usar las campanas Durham que atrapan y permiten detectarlo mediante el desplazamiento del medio dliquido que se encuentra dentro de la campana durham.

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IDENTIFICACIÓN DEL MICROORGANISMO AMBIENTAL

EN LA MATRIZ DE ESTUDIO: ______SUELO_____________________________

1.- Nombre científico del o los microorganismo identificado de acuerdo a los resultados del perfil bioquímico planteado ( género y especie)

Género: Shigella Especie:dysenteriae

2. Taxonomía del o los microorganismo identificados Hay varias especies diferentes de bacterias Shigella, clasificados en cuatro subgrupos: * Serogrupo A: S. dysenteriae (12 serotipos), es un tipo que se encuentra en los países del mundo en desarrollo donde ocasiona epidemias mortíferas. * Serogrupo B: S. flexneri (6 serotipos), causante de cerca de una tercera parte de los casos de shigelosis en los Estados Unidos. * Serogrupo C: S. boydii (23 serotipos). * Serogrupo D: S. sonnei (1 serotipo), conocida también como Shigella del grupo D, que ocasiona shigelosis en países desarrollados y se está aislando en países en vias de desarrollo por factores como el turismo etc. Los grupos A y C son fisiológicamente similares, S. sonnei (grupo D) puede ser distinguida del resto en base de pruebas de metabolismo bioquímico.

3. Ccaracterísticas generales El género Shigella, perteneciente a la familia Enterobacteriaceae, está formado por bacilos gramnegativos, no esporulantes e inmóviles que son aerobios facultativos. Las especies de este género tienen un patrón antigénico complejo y su clasificación se basa en sus antígenos O somáticos, muchos de los cuales son comunes a otros bacilos entéricos, como E. coli. Hay cuatro especies: S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii y S. sonnei.

4. Ciclo(s) biogeoquímicos en el(los) que intervienen Ciclo del nitrógeno, ciclo del azufre, ciclo del carbono.

5. La función que juegan en la transformación de la materia orgánica a través de los ciclos biogeoquímicos

El género shigella juega un papel muy importante ya que estas tienen la capacidad de descomponer la materia orgánica que se encuentra en los suelos, producto de la descomposición de organismos muertos o de platas muertas, materia orgánica que es producto de la circulación en los ciclos biogeoquímicos tales como el ciclo del nitrógeno, azufre y carbono) y provenientes de los movimientos de agua, carbono, oxigeno, azufre y otros, donde finalmente esa materia orgánica se deposita en las capas superficiales del suelo, enseguida por medio de las lixiviaciones esa materia orgánica llega a las capaz medias del suelo donde se encuentran las bacterias anaerobias como la D y gracias a su capacidad metabólica es capaz de descomponer a la materia orgánica, los nutrientes en exceso (nitrógeno, fósforo y azufre) son liberados dentro del suelo en formas que pueden ser usadas por otros microorganismos, tal como la bacteria purpura del azufre (, de esta manera se libera también CO2 a su paso, por otro lado, cabe resaltar que shigella en el ciclo del nitrógeno, específicamente en el proceso de desnitrificación del nitrato, por pertenecer a la familia BD interviene en el proceso de reducción fermentativa del nitrito en un medio anaerobio, también participa como bacteria fijadora de N atmosférico en estado libre, siendo esta una bacteria anaerobia facultativa. que pueden ser usadas por las plantas (disponibilidad de nutrientes), liberando también CO2 a su paso.

6. Conclusión parcial sobre las interacciones bacterianas en la matriz estudiada y la importancia de la microbiología en el área ambiental

En esta práctica se realizó todo un procedimiento completo para la identificación y aislamiento de una bacteria en específico, la bacteria del genero Shigella, misma que se aisló a partir de una muestra de agua proveniente de la presa blanca en león Guanajuato, por consiguiente se seleccionaron los medios selectivos así como las pruebas fisicoquímicas a realizar para la identificación de la bacteria, ahora con los resultados se sabe que efectivamente se trata de la genero Shigella, ya que las pruebas corresponden al perfil buscando(resultados negativos-positivos), así que con estos resultados podemos concluir que efectivamente ese género de bacteria se encuentra en el agua de la presa, se desconoce en qué cantidades, pero se confirma la presencia, siendo este un dato que apunta a la contaminación de la presa por materia de grado fecal, proveniente de descargas industriales o desecho de animales, ya que esta bacteria se aloja en el intestino, y fácilmente puede ser propagada, más aun se hace énfasis de la importancia de estos procedimientos en el área ambiental, ya que los microorganismos están presentes en todas las

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matrices, suelo, agua y aire, y por añadidura intervienen directamente a los ciclos biogeoquímicos, siendo estos partidarios primarios en las reacciones químicas que ahí se presentan, la gran mayoría de los microorganismos tienen la capacidad metabólica para biodegradar, sintetizar o realizar transformaciones oxido-reductivas con la materia ahí presente. Por otro lado, hablando de biorremedaciones, se utilizan las propiedades antes mencionadas de los microorganismos para reducir el nivel de algún contaminante en específico, haciéndola creer en el ambiente adecuado con las características apropiadas.