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AGENTS INFECTIEUX, HYGIENE, ASPECTS GENERAUX – Épidémiologie et transmission des maladies infectieuses

17/03/2014BACCINO Julie L2AIHPr.Raoult16 pagesRelecteur 5

Épidémiologie et transmission des maladies infectieuses

J'ai fais de mon mieux pour ce ronéo, mais le prof avait une fâcheuse tendance à ne pas finir ses phrases... (ndlr : en fait il marmonne souvent ^^) pratique ! Les diapositives sont disponibles sur l'ENT.

L'homme, un écosystème complexe :

L'homme est un écosystème complexe. Au niveau cellulaire on a des chimères extrêmement complexes ; on retrouve du matériel génétique d'origine très différente :

– au niveau des mitochondries.– les gènes d'archea.– les gènes viraux : on retrouve en effet des gènes de rétrovirus intégrés (10%).– les gènes de bactéries

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Plan :

A. Les infections au XXIème siècle I. Infection dans le monde II. Qu'est ce qu'une maladie infectieuse III. « QUI ? » - éléments de terrain

a. Age b. sexe c. immunodépression d. matériel et greffe e. intoxication f. maladies infectieuses et l'hôpital

IV. Transmission, nouvelle technologie V. « OÙ ? » VI. « QUOI ? »

B. Cas clinique en maladies infectieuses


Les bactéries ont développé ce qui semble être le premier mécanisme de défense immunitaire, elles résistent aux virus en intégrant le génome de ces virus, empêchant ainsi aux virus de se répliquer car ils vont s’apparier aux gènes de la bactérie.

→ Chez un mammifère, le placenta est constitué par des protéines codées par un rétrovirus qui permet la fusion des cellules

→ Un autre rétrovirus s'est intégré dans le génome humain, coïncidant avec la séparation des humains et des grands singes.

→ Actuellement, chez l'homme, un virus banal, herpès virus 6 (HHV6), infecte les populations en rentrant dans les cellules humaines. De plus, on a remarqué que 5 à 20% des nouveau-nés ont des gènes de ce virus intégrés. Le gène s'intègre donc dans les cellules germinales et les bébés acquièrent donc la séquence dans leur génome, permettant ainsi l'acquisition d'une résistance.

→ La résistance et l'immunité des populations sont liées à l'intégration de gènes d'adversaires. Le prof a insisté sur le fait que c'était les populations et non les individusChez les koalas on a pu observé une épidémie de rétrovirus avec des populations différentes, et notamment une population de koala a développé une résistance qu'elle transmet à sa descendance.

Toutes nos cellules n'ont pas le même complexe génétique. Toutes les cellules ne sont pas exposées aux même rencontres et n'ont donc pas le même contenu génétique. Ainsi, les cellules en contact avec l'extérieur ont un contact privilégié avec grand nombre de séquences génétiques, et dans un certain nombre de cas ces séquences génétiques ont intégré le génome. Les cellules digestives possèdent ainsi des séquences bactériennes intégrées dans leur génome, ce qui jouerait un rôle non négligeable dans le cancer.

Rapport homme-microbe :On peut décrire trois types de contact :– commensaux : « ils mangent à la même table ». ils sont plutôt neutres.

– synergie : elle est bien établie dans deux domaines :

• Dans la digestion : notre équipement enzymatique ne nous permet pas de digérer certains éléments comme les végétaux. La digestion de ces éléments est donc assurée par les microbes du tube digestif.

• Dans la modulation de l'infection : les microbes jouent un rôle important dans le rapport avec les parasites. Le microbiote qui se situe sur nos muqueuses et défende son territoire en empêchant les parasites étrangers de s'y implanter. De plus, des bactéries protègent des infections digestives en s'implantant dans l'appareil digestif et en empêchant l'implantation de bactéries étrangères : il y a un phénomène de compétition, de plus les bactéries sécrètent des antibiotiques et nous protègent contre l'infection. Ces caractéristiques ont permis la mise en place des antibiotiques.

– Parasites : ils sont dangereux pour nous car :

• ils peuvent être invasif : ils peuvent franchir les muqueuses• ils donnent des intoxications (tétanos, botulisme, staphylocoque) : les toxines jouent un rôle dans

les maladies et parfois les intoxications sont seulement dues à la toxine et non à une invasion microbienne (c'est la toxine et non la bactérie qui infecte).

• Ils interviennent dans l'inflammation : processus qui permet la lutte contre le microbe.• Ils peuvent se transformer et donner lieu à des cancers en déréglant les cellules infectées.

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Prix nobels en médecine de 1901 à 2011

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Alors le prof a lu un par un les prix nobels, mais bon, personne ne va apprendre ça.

A. Infection au XXIème siècle

I. Infection dans le monde

Les infections sont la cause de 17 millions de morts (30% des morts).Les trois principales sont :

– le VIH,– la tuberculose – le paludisme.

Les autres types d'infections sont :– infections respiratoires : plus grande cause de mortalité microbienne– infections digestives– infections prévenues par vaccinations– infections nosocomiales– infections émergentes– cancer

II. Qu'est ce qu'une maladie infectieuse

Une maladie infectieuse résulte de la rencontre entre plusieurs facteurs : Qui ? Où ? Quoi ?

Plusieurs éléments déterminent la susceptibilité de l'infection :Le terrain :

– génétique : mutation sur des récepteurs qui ont permis des guérison du VIH, résistances spontanées (drépanocytose, thalassémie sont des facteurs de protection contre le paludisme)...

– sexe – âge : les enfants sont souvent plus exposés mais moins sensibles.– immunodépression– microbiote– Coinfection– toxiques : peuvent diminuer nos défenses immunitaires

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Le microbe :– des microbes donnent des infections dès le premier contact avec l'organisme– des microbes ont besoin de plusieurs contacts pour donner une infection

La rencontre :– la voie empruntée par le microbe– l'inoculation ou l'inoculum sont très importants : l'infection va dépendre non seulement de la voie

d'entrée mais aussi de la quantité de pathogène que l'on a reçu (exemple de la Listeria monocytogenes, si on en ingère pas assez on ne développera pas de diarrhée : 10^8 ou 10^9)

– le contexte : saison, humidité, froid. On en connaît pas le mécanisme, il y a des éléments dans le microbiote qui font que l'on va être sensible ou non mais on ne sait pas encore quoi.

Exemple : en Arabie Saoudite, on a observé un portage de microbes sur les gens allant à la Mecque : plus de 10% des gens qui revenaient de la Mecque avaient un virus respiratoire, mais aucune épidémie n'a été observée.

III. « QUI ? » - éléments de terrain

a. Âge

L'âge est un élément de terrain qui va conditionner l'infection.– nouveau-né :

• susceptibilités de l'infection par la filière génitale (lors de l'accouchement)• protection maternelle (via le lait maternel)

– nourrisson (seul ou en collectivité) : les enfants vont en crèche de plus en plus tôt ce qui est très générateur d'épidémies. En effet les nourrissons et les enfants jeunes présentent le plus d'épidémies et le plus fort risque de contamination car ce sont eux les plus porteurs de microbes.

– enfant jeune– adulte– sujet agé : vaccination ciblée à partir de 70ans. Seulement ils sont moins répondeurs que les jeunes.

La vaccination des enfants est un meilleur moyen de lutte contre la contamination que la vaccination des personnes âgés, car ils présentent le plus fort risque de contamination des adultes.

b. Sexe

Différents facteurs liés au sexe interviennent :– les facteurs anatomiques : comme les infections urinaires chez la femme par rapport aux hommes– les facteurs hormonaux : les hormones féminines (œstrogènes et progestérone) sont un facteur de

protection contre les infections et notamment chez la femme enceinte qui présente un fort taux.– les facteurs culturels : exposition différente

Ces facteurs sont en effet différents chez l'homme et chez la femme.Chez la femme, variations d'hormones selon les période de sa vie :

– pré-pubère – age fertile– enceinte-– ménopausée

→ explique le sexe ratio !

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c. Immunodépression

L'immunodépression cause une plus grande susceptibilité aux infections, et notamment dans les cas suivant :– VIH + à T4 normaux : susceptibilité infections des muqueuses +++– sida– cirrhose– diabète– splénectomie– granulopenie– cancer– lymphome– chimiothérapie– traitement anti rejet– traitement anti TNF et autres Mab– corticothérapie : c'est un puissant immunodépresseur qui favorise encore plus l'infection → très grand

danger voir mortel si la personne a déjà une infection qui va alors flamber.

d. matériel et greffe

Des infections sont observées lors : – de greffe d'organes– de prothèse vasculaire– de prothèse cardiaque– de prothèse ostéo-articulaire– autre

Ces prothèses sont un facteur de risque, car même avec un bactériémie qualifiée de ''normale'', un staph à priori bénin peut se fixer sur la prothèse et alors s'y développer et donner une infection

e. intoxication

– tabac– alcool : peut par exemple provoquer des inhalations de vomi et provoquer des pneumonies, des

maladies, des changements de comportements à risque, action sur les macrophages– drogue intraveineuse : l'injection en elle même est un risque si du matériel non stérile est utilisé

(au départ on voulait simplement interdire l'accès aux seringues mais finalement cela n'a fait qu'aggraver les choses car les toxicomanes se les partageaient donc maintenant l'accès n'est plus restreint. La morale et la prévention des risques sont deux choses bien distincts. Le médecin ne doit pas être un moralisateur).

– sucre

f. maladies infectieuses à l'hôpital

Les maladies infectieuses et l’hôpitalL’hôpital est la principale source de maladies infectieuses qui sont bien souvent assez graves.Les infections se produisent chez les patients vulnérables ou lors de traumatismes.Les sources de ces infections sont :

– les patients eux-mêmes– les soins : dans l'eau se développent notamment des bactéries telles que Legionnella et Pseudomonas.– les mains : Enterobacteria, Staphylococcus

→ depuis que l'on traite l'eau nous n'avons plus de péril fécal (transmission main et fèces), en revanche nous ne savons toujours pas gérer la contamination par les vomissements.

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On peut observer que certaines bactéries sont multirésistantes :– sur les mains/alcool– sur les habits– dépendamment de la durée d'hospitalisation– résistance d'où le contrôle des antibiotiques mais il y a aussi le bouleversement du microbiote

(flore) des patients qui peut grandement favoriser les infections.

On dénombre 12 000 morts par an en France par bactériémies !!!

APHM100 décès par bactériémie par an1033 bactériémies

– E.Coli : 20%– S.aureus :16% → cathéter (on pose de façon systématique des cathéter aux patients qui arrivent aux

urgences alors que ce n'est pas forcément nécessaire sans même une prescription médicale, de même la plupart du temps les médecins ne sont même pas au courant que leurs patients ont une sonde urinaire qui est une des principale voie de contamination)

– S. epidermidis : 9%– Klesbiella pneumoniae : 8%– Enterococcus : 7,5%

120 000 admissions (1% ont une bactérie dont 10% meurent).

IV. Transmission, nouvelles technologies

Pour toute nouvelle technologie, il est est impossible de prévoir les risque qu'elle représente en terme de contamination.La transmission peut se faire par le biais :

– aérosol, air conditionné : maladie du Légionnaire– seringues : inoculation, infections des drogués– bronchoscopie– transfusion (VMC, VIH, hépatites B C E)– chirurgie : infections nosocomiales– transplantation– xénogreffes

Les microbes infectent les populations des muqueuses mais peuvent être traités par antibiotiques.Il peut y avoir également des co-infections :

– virus et bactéries– virus entre eux

Colite à Clostridium diffcile : 60% de décès (conjonction du terrain génétique, exposition à C difficile et prise d'ATB dans le moins qui va bouleverser le microbiote → on peut sauver ces patients en faisant simplement un greffe fécale pour reconstruire la flore)

Les voies d'entrée : – oreilles → air– yeux → solide ; liquide (lentilles)– nez– bouches → respiratoires (aérosol), buccales, digestive

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« horizontal »– peau → piqûres, traumatisme, vecteur arthropode (insecte, tique, mite, autres), transfusion. Une peau

saine est une très bonne barrière antimicrobienne mais il faut faire attention aux peau lésées.– sexe– anus

« vertical »– mère/enfant

V. « Où ? »

Contexte de la rencontre : L'infection peut être influencée par :

– saison : Influenza, arthropodes (les tiques de chien ne piquent l'homme que quand il fait très chaud), moustiques, soleil (vitamine D : rôle protecteur. Hiver: déficits en vit D qui pourrait favoriser les infections de part son rôle sur l'inflammation) → maladies saisonnières, on ne comprend pas très bien le mécanisme mais le rôle est clairement mis en évidence.

– froid/chaud– géographie (voyage, tropique : la zone inter tropicale est la zone la plus fertile du monde, zone de

créativité maximale d'où provient un flux de maladies)– coutumes (aliments crus comme le porc qui peut transmettre l'hépatite E)– socialisation (baisers, touchers, collectivités)

Éléments d'exposition (le prof est passé rapidement sans trop commenter) : il est important d'interroger le patient sur tout ces facteurs de risque car on ne partira pas du tout sur les même hypothèses diagnostiques.→ Contact :

– sexuel– sujet malade (médecin sentinelle)– voyage– piqûre d'arthropode– hospitalisation– animaux familiers ou animaux de ferme

→ Métier :– contact avec les animaux (vétérinaires, zoonoses)– collectivités (maladies contagieuses)– activité de soins (maladies contagieuses)

→ Événement anormal :Quand on fait quelque chose de différents, on s'expose à des microbes encore jamais rencontrés.Exemple :

– alimentation (cru, gibier)– baignade en eau douce– soins dentaires

→ Environnement : animaux– bétail– chiens et chats– chiens de prairies– poissons– oiseaux

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– muridés (rat, souris)– arthropodes vecteurs

– tiques → maladie de Lyme– poux → Bartonella quintana– moustiques → Aedes, dengue et fièvre jaune, Westnile, Chikungunya

Nourriture :La conservation :

– la chaleur (préserve, cuit)– le froid (chaîne du froid, congélation)– hyper-osmolarité (sel, jambons)– contamination animale,

– pas cuit : trichinose, – cuit : creutzfeldt jacobs

– œufs et poulets : Salmonella, Campylobacter– hamburger : E.coli 0157-B7– porc : Listeria, hépatite E, Trichinose (bactérie des réfrigérateurs)– fruits et légumes : Salmonella, hépatite A (fraises), Cyclospora cayetanensis (framboises)– poissons crus : Anisikiases

VI. « QUOI ? »

Agents infectieux :– virus– bactéries– archea– eucaryotes

→ microsporidies→ protistes→ champignons→ helminthes→ arthropodes

– prions

B. Cas clinique en maladies infectieuses

• cadre nosologique (qu'est ce que ce patient a ? angine, bronchite...)

Le Popi est un livre répertoriant les différentes maladies infectieuses et tropicales.

Infection et syndrome : → expression qui détermine les symptômes.

Organe atteint :– quelle a été la voie d'entrée du microbe– quelle est la spécificité du microbe :

– E.coli K1 (nouveau-né) → Méningite– Protéus → abcès cérébral

– quelle est la spécificité de l'hôte :– HLA-B27 arthrite

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– déficit génétique et méningo-encéphalite herpétique

Manifestations générales : – inoculum (substance contenant des germes vivants)– dépend du microbe– dépend de l'hôte– spectre : asymptomatique – clinique – sévère – mortel

Méningite : – nouveau-né → E.Coli, Streptocoque B, Listéria– nourrisson → Méningocoque Hémophilus (vaccin), Pneumocoque (vaccin)– jeunes et adultes → Méningocoque (B-C : vaccin), herpès virus (MST), entérovirus (épidermique), HIV– sujets âgés : pneumocoque– femmes enceintes : Cryptocoque, Listéria– Nosocomial : Staphylocoque, Propionibacterium, Enterobacter

Commun au cabinet – premières causes : – angine– sinusite– otite– infections respiratoires– infections cutanées– infections urinaires– MST

Commun aux urgences : hiérarchiser le risque est très compliqué, qu'est ce qui est grave ? Qu'est ce qui est fréquent ?

– bronchites– pneumonies– infections urinaires– éruption fébriles– méningite, encéphalite– fièvre de retour de voyage– diarrhées fébriles– VIH fébriles– infections ORL– ectoparasitose (gale/poux)

Hospitalisation APHM (2300/an)– infection respiratoire : 30%– infections urinaires : 15%– infections cutanées : 10%– parasitose : 10%– fièvre : 3%– Os : 3%– MST chez les hommes : 3%– septicémie : 3%– viroses : 2%– MST chez les femmes : 1%– VIH : 1%

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Retour des tropiques :– fièvre– paludisme– Rickettsioses– arboviroses– diarrhée– ambiase– turista– Shingella– Salmonella

Nosocomiales les plus communes dans le monde : – Staphylocoue– Clostridium difficile– Norovirus

Infections graves :(mortalité supérieur à 10%, les maladies infectieuses à l’hôpital tuent autant que les cancers)– choc septique– méningoencéphalite– endocardite– septicémie– péritonite

• terrain

• exposition

• éléments biologiques non spécifiques

– Numération formule sanguine

– globule blanc➢ hyperleucocytose (si à PNN plutôt en faveur d'une infection bactérienne)➢ leuconeutropénie (immunodéprimé ? Infection virale ? Bactérie intracellulaire ?)➢ lymphopénie (HIV+ ?)➢ hypereosinophilie (infection parasitaire)➢ syndrome mononucléosique (4 ou 5 virus associés)

– plaquettes➢ thrombopénie (virus ou bactérie intracellulaire le plus souvent)➢ thrombopénie sévère➢ thrombocytose (infection bactérienne avec abcès?)

– bilan hépatique➢ transaminases modérément augmentées (x 2 à 10)➢ transaminases très augmentées > x 10

• autres éléments paracliniques

• diagnostic étiologique

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➔ Diagnostic direct :

→ détection des microorganismes

Méthodes :– morphologies (microscope, coloration)– culture (banale, spéciale, sur cellule)– antigène (immunodétection)– acides nucléiques (PCR)

Prélèvement :– sang– autres en fonction du tableau clinique (LCR, biopsie)

➔ Diagnostic indirect :

→ sérologie : détection des anticorps (diagnostique rétrospectif)

Méthodes :– immunoflurorescence– ELISA– +/- Western blot

Prélèvements :– 2 sérums à 10 jours d'intervalle

Résultats :– positifs si séroconversion entre les 2 sérums (négatif à positif)– augmentation des anticorps entre les deux sérums– présence d'IgM (infection récente)

Liste des codes d'analyse du point of care (examens en urgence) :

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Le prof est passé assez rapidement sur ces tableaux mais bon, sait-on jamais...)

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• conclusion

« Primum non nocere » → n'infectez pas vos malades !– vaccinez vous contre les maladies contagieuses– passez-vous les mains à l'alcool avant de toucher un patient hospitalisé– ne posez pas de cathéter inutile.

NDCR : je rajoute ces diapo que j'ai trouvé intéressantes sur le diaporama du prof mais elles ne sont pas du tout à apprendre. Cela peut un jour nous servir et en cas de besoin vous saurez où les chercher.

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Voilà, enfin mon dernier ronéo !Merci à Margotoune et Audrenne pour le soutien moral en cours ! Même si avoir une 'illuminée' et une joyeuse kraken en guise de soutien n'est pas franchement simple (koeur, koeur, papillon) : donc merci à mon portable d'être un aussi bon dictaphone.Dédicace aussi à toi Babou, parce que faire 3 stages avec le même costagiaire roux ça forge le caractère (je peux affirmer que les roux ont une âme, si si.), à toi Driss car je ne connais personne d'autre sur terre qui a autant pour vocation de faire chier les gens (poutou, mon saoudien préféré), à toi Vincent :l’irrésistible têtard (strongman carlie à ses heures perdues), à toi Geoffray :l'éternel porteur de débardeur et cuistot de nos apéros, à toi Laurent : même si je sais que tu liras ce ronéo seulement début mai, à toi Mathieu : il faut toujours citer le travelo des sketch du gala...Dédicace aussi à tous les carlies (oui je sais, encoooore les bus) : mon pilou, la belle Mélanie, Laura, Lise et son plâtre, Natachatte, Astrid-Lisa (peut être que j'arriverai enfin à sortir le bon prénom à la bonne personne en soirée), à Victoire alias Shakira, et à tous les autres carlilounets !Et dédicace enfin à cette belle promo !! Et encore bravo à vous qui avez participé au spectacle du gala (clap clap).

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