การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ...

การวเคราะหขอมลจโนมและ

การประยกตใชโปรแกรมทาง

ชวสารสนเทศศาสตร@

ดร. สทธพร ปานเมน@

ศนยพษวทยา สถาบนวจยวทยาศาสตรสาธารณสข@RU

0043

RU0143

RU0201

RU0129

RU0150

RU0106

RU0156

RU0177RU0116

RU0183

RU0151

RU0051

RU0092

RU0146

RU0169

RU0197

RU0079

RU0147

RU0095

RU0046

RU0026

RU0041

RU0110RU0034

RU0211

RU0062

RU0047

RU0102

RU0010

RU0198

RU000

1

RU0149

RU0140

RU0153

RU0207

RU0180

RU0013RU0014

RU0131

RU0206

RU0093

RU0053

RU0148

RU0038

RU0152

RU018

5

RU0036

RU0196

RU0042

RU003

9 RU0094

RU0055

RU0044

RU0063

RU0078

RU0172

RU0204

RU0012

RU0155

RU0166RU0008RU

0025

RU0184

RU0049

RU0058

RU0107

RU0168

RU0111

RU0023

RU0037

RU0205

RU0181

RU0077

RU0056

RU0057

RU0015

RU0144

RU0161R

U0199

RU0162

RU0176

RU0097

RU0132

RU0202

RU0101

RU0139

RU0187

RU0113

RU0048

RU0163

RU0059

RU0128

RU0064RU0011

RU0003

RU0054RU0061

RU0103

RU0060

RU0186

RU0052

RU0145

RU0109RU0104

RU0045

RU0108

RU0142

RU0091

RU0167

RU0203

RU0105

RU0035

RU018

2

Bioinformatics @

Ø An interdisciplinary field: !

ü Computer science !

ü  Statistics!

ü Mathematics!

that develops methods software tools for

understanding biological data.!

Outline@

Ø  Sequence analysis!

Ø  Creating and presenting phylogenetic trees!

Ø  CIPRES: Cyberinfrastructure for Phylogenetic

Research !

Sequence analysis (1)@DNA chromatogram viewing, editing & printing @

Sequence analysis (2)@


BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @

Ø Identify a DNA or protein sequence of interest@

Ø Identify other sequences that are related to the

sequence of interest@

Ø Identify members of gene families @

Ø Use to infer function & evolutionary relationships @

Ø Go to https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi @


BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @

Sequence analysis (8)@BLAST: Basic Local Alignment Search Tool @

Search nucleotide database using nucleotide

sequence!

Search protein databases using a translated

nucleotide query !

search all six reading frame of nucleotide sequence

database using protein sequence !

search protein database using the protein sequence !

Sequence analysis (11)@Sequence and alignment using Geneious @

Sequence analysis (12)@Genome assembly using Geneious @

Sequence analysis (13)@Genome assembly using Geneious @

Sequence analysis (14)@Annotate & predict using Geneious @

MKNPKKKS

Sequence analysis (15)@Find variations using Geneious @


Click เพอ export & save @

Creating and presenting phylogenetic trees (1)@

PAUP* (Phylogenetic Analysis Using Parsimony

*and other methods)@

Garli: Genetic Algorithm for Rapid Likelihood

Inference@

RAxML - Randomized Accelerated Maximum Likelihood@


Maximum Parsimony @

Maximum Likelihood ! Bayesian Analysis !

Tree with the @minimum number @

of changes & @BS support @

Tree with the @maximum likelihood @

& BS support @

Tree with the @greatest likelihood @

& PP support @

No model of evolution needed@ Needs evolutionary model @

Ø the CIPRES Portal, under the NSF-sponsored

Cyberinfrastructure for Phylogenetic Research Project.!

Ø RAxML, MrBayes, BEAST, GARLI, MAFFT,

DPPDIV, FastTree, jModelTest2, PAUP, Migrate-N

and others !

Ø Website: https://www.phylo.org !

การใชงานในระบบ CIPRES !

(Cyberinfrastructure for Phylogenetic Research)!

Ø  เขาส Website: https://www.phylo.org !

Ø  ลงทะเบยนใชงานในระบบ “Use the CIPRES Science Gateway”!

การสราง ML-tree โดยการใช RAxML-HPC2 on XSEDE @

Ø  สราง DNA data matrix (DNA alignments)!

Ø  เปลยนไฟล DNA data matrix ใหอยในรป .PHY สามารถ export

file จากโปรแกรม Geneious หรอ BioEdit/ PAUP/MEGA!

Ø เขาระบบ CIPRES สราง Create New Folder และนำไฟล DNA

data matrix ใหอยในรป .PHY เขาในระบบ!

Ø เลอก Toolkit เลอก RAxML-HPC2 on XSEDE !

การสราง ML-tree โดยการใช RAxML-HPC2 on XSEDE @

หลงจาก run เสรจจะมการแจงเตอนทางเมลของผใช และเราสามารถโหลดขอมลทงหมดใน Tasks จากนนนำขอมลไปใชงานตอ !

การวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและ...

Documents