20150915 asm

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生物多様性に関する基盤情報整備と利活用に向けた取り組み

-GBIF日本ノードJBIF-

http://osawa.nomaki.jp/

2015/9/15 JaLTER ASM

国立研究開発法人農業環境技術研究所GBIF日本ノードJBIF

大澤剛士<[email protected]>

生物・生態系情報の統合と時系列データの解析～生物や生態系の変化を読み解く～

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2015/9/15

(国研)農業環境技術研究所主任研究員農業環境インベントリーセンターテーマ：農業業環境統合データベースの構築

http://www.niaes.affrc.go.jp/techdoc/db_image.html?ref=top0

自己紹介

About me


2015/9/15

・自然史資料を活用し、生物多様性情報のデータベースを構築する(標本, 愛好家の観察記録, 地域のフローラ、ファウナ…)

・それらを活用して生態学な研究をする

Key words:

生物多様性情報学 Biodiversity Informatics

生態情報学 Ecological Informatics

研究の興味


アウトライン

• 前枠

• データベースを利用した研究

• 基盤データ整備とGBIF/JBIF

• 展望と妄想


• 前枠



• 展望と妄想


少しずつだけどいい時代になってきたなあ・・

解析のプロデータのプロ

基盤データ整備、ネットワークとデータサイエンティストの邂逅

前枠

素直な感想

AM PM


少しだけ昔を振り返ってみる


最近の生態学の発展（あくまで一面）

解析技術

データの肥大化

ストレージの安価、巨大化各種データベース構築フリーのデータソース増加

ベイズ統計遺伝的アルゴリズム多変量解析

2010年に国環研でやったセミナースライド

http://www.nies.go.jp/biology/s_wakate/2010/2010-12-1.htm


解析技術


流行りというか普及がこっちに偏重していないか！？

疑問？気になるのです






解析技術


こっち方向の発展が生態学をさらに発展させるはず！

研究のモチベーション






こんなアピールが必要でした


今日の趣旨

基盤データ整備のコミュニティ

生態学におけるデータサイエンティスト

いずれも重要なのは前提コラボの可能性を探る段階へ

基盤データ整備、ネットワークとデータサイエンティストの邂逅


ようやくこの段階が来ました。ここが真のスタート地点です。


解析技術




巨大データと解析技術のシナジーにより何が得られるのだろうか？


• 前枠



• 展望と妄想


自然科学研究の基本

フィールドは楽しいが辛い

•野外調査

データの現実


自然科学研究の基本

取りたいデータは無限投入できる労力は有限

データの現実


既存のデータ(データベース)を使って個人では取れないレベルのデータを入手し、研究に使う。

一つの解決案


兵庫県全域の河川の外来植物の分布拡大方向を検討

・ Osawa et al. (2013) Ecol.Comp. 15:26-32

既存データの活用

研究紹介


耕作放棄と絶滅危惧種分布の関係を全国的に評価

絶滅危惧種の分布地図

耕作放棄地の分布地図

・ Osawa et al. (2013) PLOS One: e79978


研究紹介


近畿2府4県における鉄道１５００駅ツバメの営巣条件を解析

・ Osawa (2015) Env. Man. 55:1160-1167.


研究紹介


・国土数値情報（国交省）・農林業センサス（農水省）・自然環境基礎調査 (環境省)・博物館の標本情報 (公立博物館)・ひょうごの川自然環境基礎調査（行政資料）・市民参加による調査（公開データ）

現地は見て回りましたが、フィールドデータは取っていません！


使ったデータ


既存のデータ(データベース)の再利用研究アプローチの一つとなった！


再利用するにしてもデータは有限。使うだけのフリーライドでは持続的でない

持続性の担保


使うからには、データの供給（公開）もがんばっています。


データペーパー


データペーパーを引用することで、そのデータを利用した研究ができるGoogle Scholarとかで発見できる

生態学データそのものを

引用可能な論文として公表する形態

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データペーパーって何？


・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541

市民調査による10年間の植物観察データ

・ Voraphab,Osawa et al. (2015)

Ecol. Res. 30(3):415.

北東タイの農地における昆虫相データ

・ Osawa et al. (2015)

Ecol. Res541.30(5):75

統計情報に基づく農地利用メッシュ地図データ

公表済みデータペーパー



公表済みデータペーパー


データアーカイブス公開リポジトリから取得可能

http://db.cger.nies.go.jp/JaLTER/ER_DataPapers/


Chavan and Lyubomir (2011)

封印されているデータ発掘の促進

データの再利用を促進

データ公開者に対する報酬

再利用

成果（論文出版）データ発掘

成果（論文出版）

データペーパーの目的



・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541

・ Voraphab,Osawa et al. (2015)

Ecol. Res. 30(3):415.

・ Osawa et al. (2015) Ecol.Res541.30(5):757

データのリサイクル

→大澤・猪原（2008）保全生態学研究13:179-186.

→ Voraphab, Osawa et al. 投稿中

→ Osawa et al. (2013) PLOS One: e79978

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過去に収集されたデータを受け継ぎ、未来にわたって利用可能に！

自身もデータ拡充に尽力し、誰かに受け継ごう（公開すべし）

データのリサイクル


目指す、あるべき姿

他人のデータを使わせてもらう代わりに自分のデータも提供する。それらを組み合わせて新しい価値を生む


データを組み合わせる

調査サイトで取得された過去データに自分のデータを乗せて新しい研究を

・ Osawa et al. (minor revision もうすぐ).


• 前枠



• 展望と妄想


様々な取り組みによって徐々にピースが埋まっていく埋まったピースを使って新たな知見が得られていく

誰もがデータを取得し、それを公開し、皆で共有していく“文化“

基盤情報整備の目指すもの

www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIFGBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/)

Global Biodiversity Information

Facility (GBIF)

「地球規模生物多様性情報機構」インターネットを介して世界中の生物多様性情報を共有しようという国際的取り組み


約5億7千万！

GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/)

GBIFとは

インターネットを介して世界中から生物多様性データが取得できる


www.gbif.jp/v2/

GBIF (http://www.gbif.org/)

JBIF (www.gbif.jp/v2/)

GBIF日本ノードJBIFインターネットを介して世界中の生物多様性情報を共有しようという国際的取り組みの日本活動

GBIFの日本活動

www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF逐次日本語訳を行って公開していますWebサイトから自由にダウンロードできます。

GBIF活動が今どんな状況なのか

生物多様性情報学の世界的な課題

JBIFの活動紹介

GBIFが発行する各種ドキュメントの和訳、公開


最近の例）大澤・神保（2013）統計数理 61:217-231.

大澤ら（2013）日本生態学会誌 63(2):269-273.

大澤ら（2014）日本生態学会誌 64(2): 153-162.

中江（2015）魚類学雑誌62(1):84-90

神保（2015）Primixia 18: 9-17

国内への情報共有、普及

生物多様性情報学および周辺分野の解説記事（和文）執筆


①生物多様性情報はオープンで公共なものという「文化」を根付かせ、②様々な「データ」を包括的に体系化し、③ それらを促進する「技術」を発展させ、④得られる「知見」を意思決定に活用する

（GBIF Secretariat 2012）

GBIF/JBIFの目指すもの

生物多様性情報学Biodiversity Informatics


続く発表では、データ整備の取り組み、成果、データ共有に関する各種コミュニティが紹介されます。これら基盤整備の活動はどんどん広がってきています。


●様々な公開データを利用して研究ができる

●データを使うからには、データを供給すべし

●データペーパーはじめ、データの公開、共有に

向けた様々な仕組みができている

● GBIF/JBIFは、それらの拠点の一つ

まとめ


興味持った方へ

農業環境技術研究所

大澤剛士＜[email protected]＞

GBIF日本ノードJBIF

http://www.gbif.jp/v2/

GBIF

http://www.gbif.org/

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