2-D DIGE: Decyder v6.5 software analysis

Architecture de Decyder v6.5

Cy2Cy3 Cy5

StandardExtrait 2Extrait 1

co-analyse des données issus des 3 images

Transfert des découpes de spot sur les 3 images indépendantes

Co-détection des spots

Quantification précise: soustraction du bruit de fond

et quantification des spots

détection des spots sur l’image fusion

Un gel, 3 images

Standard interne et quantification des spots

extrait 2 (Cy5)extrait 1 (Cy3)

Gel 1

extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5)

Gel 2

Standard (Cy2)

Standard (Cy2)

sans standard interne:

mesure de l’abondance

dans chacune des images

avec standard interne

avec standard interne:

mesure de l’abondance par paire de gel pour une même aire

Internal standard and 2 samples per gel

Gel 1

Gel 2

Gel 3

Cy2Cy5

Standard

Standard

Cy2

Standard

Cy2

Cy3

extrait 1

extrait 3

extrait 5

Cy3

Cy3

extrait 2

Cy5

extrait 4

Cy5

extrait 6

Co-détection Intra-gel + Quantification Intra-gel

: Differential In-gel Analysis

Standard interne:matching inter-gel et normalisation de l’abondance des

spots

extrait 2 (Cy5)extrait 1 (Cy3)

Gel 1

extrait 3 (Cy3) extrait 4 (Cy5)

Gel 2

Standard (Cy2)

sans standard interne

avec standard interne

- Matching des spots

- Normalisation de l’abondance par rapport

à chaque spot du standard

Standard (Cy2)

Inter-gel matchingGel 1

Cy2Cy5

Standard

Cy3

extrait 1 extrait 2

Internal standard and 2 samples per gel

Gel 2

Standard

Cy2

extrait 3

Cy3 Cy5

extrait 4

Cy2

Standardextrait 5

Cy3 Cy5

extrait 6

: Biological Variation Analysis

Master

Gel 3

Protein difference ratios