15 mei 2018 identificatie van filamenteuze fungi
TRANSCRIPT
![Page 1: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/1.jpg)
Identificatie van filamenteuze fungiDE WAARDE VAN MALDI-TOF MS
15 MEI 2018
SUPERVISIE: APR. A. DE BEL, DR. M. BOUDEWIJNS
![Page 2: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/2.jpg)
BELANG VAN IDENTIFICATIE
• 10% van de nosocomiale infecties
• Toename invasieve mycosen:–Voorspelling gevoeligheid aan antifungale middelen–Prognose–Virulentie
• Toename oppervlakkige mycosen:–Epidemiologie–Behandelingsschema– Identificatie van non-dermatofyten
Identificatie van filamenteuze fungi: de waarde van MALDI-TOF MS
Blyth et al., Intern Med J., 2014Sharma et al., Int J Antimicrob Agents., 2017
Gräser et al., Mycopathologia, 2008Lass-Flörl, Methods Mol Biol., 2017
Hayette en Sacheli, Rapport d’activité, 2015Arenas et al., Current progress in medical mycology., 2017
![Page 3: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/3.jpg)
ONDERZOEKSVRAGEN
1. Huidige methoden
2. Hindernissen MALDI-TOF MS
3. Referentiedatabase
4. Aanpassing werkwijze AZ Groeninge.
Identificatie van filamenteuze fungi: de waarde van MALDI-TOF MS
![Page 4: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/4.jpg)
1. HUIDIGE METHODEN
![Page 5: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/5.jpg)
CULTUUR
Huidige methoden
Lass-Flörl, Methods Mol Biol., 2017Willinger, Methods Mol Biol., 2017Manual of Clinical Microbyology, 2015
Sabouraud agar metchlooramfenicol en gentamicine cycloheximide
30°C
Tot 4 weken
![Page 6: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/6.jpg)
IDENTIFICATIE
Expertise en trainingMorfologische criteriaMorfologische verwantschap
DuurArbeidsintensiefGouden standaard
Becker et al., Med Mycol., 2014Ramanan et al., Clin Chest Med., 2017Willinger, Methods Mol Biol., 2017
Huidige methoden
![Page 7: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/7.jpg)
2. HINDERNISSEN
![Page 8: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/8.jpg)
MOEILIJKHEDEN
• Stevigere celwand moeilijkere cellysis
• Meer variabel groeipatroon– Meerdere structuren in één cultuur
– Centrum versus rand kolonie
• Gestandaardiseerd inoculum
• Minder reproduceerbare spectra
Hindernissen
Bader, Proteomics., 2013Normand et al., BMC Microbiol., 2013Clark et al., Clin Microbiol Rev., 2013Cassagne et al., Mycoses., 2016L’Ollivier en Ranque, Mycopathologia., 2017
![Page 9: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/9.jpg)
INCUBATIEOMSTANDIGHEDEN
• Cultuurmedium– Meeste studies weinig verschil
• Incubatietemperatuur– Longrong et al. (2017): 28 of 35°C geen verschil
• Incubatietijd– Variatie van drie dagen tot drie weken
Hindernissen
Longrong et al., Infect Drug Resist., 2017L’Ollivier en Ranque, Mycopathologia., 2017
Theel et al., J Clin Microbiol., 2011De Respinis et al., J Clin Microbiol., 2014
![Page 10: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/10.jpg)
METHODEN VOOR STAALVOORBEREIDING
• Intacte cel methode– Bacteriën
• On-target lysis met mierenzuur of ethanol– Gisten
• Inactivatie-extractiemethode met ethanol en mierenzuur/acetonitril–Meest beschreven in de literatuur
• Mechanische lysis methode
Clark et ali., Clin Microbiol Rev., 2013Packeu et al., J Clin Microbol., 2014Lau et al., J Clin Microbiol., 2013De Carolis et al., Clin Microbiol Infect., 2014
Hindernissen
Hands-on time
![Page 11: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/11.jpg)
3. REFERENTIEDATABASE
![Page 12: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/12.jpg)
BELANGRIJKE PARAMETERS REFERENTIEDATABASE
1. Aantal technische kopieën
2. Aantal biologische kopieën
3. Aantal verschillende stammen van één species
Referentiedatabase
Normand et al., BMC Microbiol., 2013
![Page 13: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/13.jpg)
BELANGRIJKE PARAMETERS REFERENTIESPECTRUM
1. Aantal technische kopieën
2. Aantal biologische kopieën
3. Aantal verschillende stammen van één species
Normand et al., BMC Microbiol., 2013
Diversiteit spectra in referentiedatabase verbreden
Referentiedatabase
![Page 14: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/14.jpg)
• Vitek MS database v3.0:– 79 filamenteuze fungi
• Filamentous fungi library v2.0:– 152 species
VITEK MS (BIOMERIEUX)
Referentiedatabase
MALDI BIOTYPER (BRUKER)
![Page 15: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/15.jpg)
• Vitek MS database v3.0:– 79 filamenteuze fungi
• Filamentous fungi library v2.0:– 152 species
• MSI platform: > 800 species
VITEK MS (BIOMERIEUX)
Referentiedatabase
MALDI BIOTYPER (BRUKER)
![Page 16: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/16.jpg)
IDENTIFICATIEPERCENTAGES LITERATUUR
Referentiedatabase
Vitek MS Vitek MS + in-house
Bruker Bruker + in-house
In-house
88.5-91.0% 88.5% 0.7%-98.9% 59.6%-96.8% 87%-100%
n=2 n= 1 n=8 n=7 n=6
In-house database > Commerciële database
![Page 17: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/17.jpg)
4. AANPASSING WERKWIJZE AZ GROENINGE.
![Page 18: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/18.jpg)
STUDIEOPZET
•Drie types stammen– Externe kwaliteitscontroles
– Stammencollectie UZ Leuven
– Klinische stalen
• Kweek: 30°C, SGC2 agar
• Identificatie na 3, 7 en 14 dagen
• Extractieprotocol: Cassagne et al. (2011)– Inactivatie-extractie procedure met ethanol en FA/ACN
Aanpassing werkwijze AZ Groeninge
Cassagne et al., PLoS One, 2011
![Page 19: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/19.jpg)
STUDIEOPZET
• 4 spots per extract– Identificatie bij 3/4
• Spectra met Vitek MS
• Twee databases:– Database Vitek MS v3.0
–MSI platform
Aanpassing werkwijze AZ Groeninge
Cassagne et al., PLoS One, 2011
![Page 20: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/20.jpg)
RESULTATEN
Vitek MS v3.0 MSI platform
QC-stammen (n=10)(dermatologisch) 90,0% 100,0%
Stammencollectie Dermatofyten (n=14)Andere (n=38)
69,2%36,9%
76,9%81,6%
Routine stalen (n=17) 82,4% 94,0%
Totaal 59,0% 85,9%
Aanpassing werkwijze AZ Groeninge
Criterium van 90% wordt niet gehaald MSI platform > Vitek MS
Clark RB et al., Cumitech, 2009CLSI M52, 2016
![Page 21: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/21.jpg)
SPECIES IDENTIFICATIE?
• “Bad spectrum during acquisition”
• “NO ID”
• Foutieve identificatie
• 1 klinisch staal: S. aurantiacum ipv S. apiospermum– ID bevestiging met DNA sequencing
Aanpassing werkwijze AZ Groeninge
Species Foutieve identificatie Database
T. mentagrophytes complex T. concentricum MSI platform
T. mentagrophytes complex T. tonsurans MSI platform
T. verrucosum A. benhamiae MSI platform
S. prolificans P. chrysogenum MSI platform
S. brevicaulis P. chrysogenum MSI platform/Vitek MS
![Page 22: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/22.jpg)
INCUBATIETIJD?
• Geen duidelijkheid
• Dermatofyten: incubatietijd van 7 tot 14 dagen– 3 dagen lijkt onvoldoende
• Andere filamenteuze fungi: daling percentage bij verlengde incubatie– 3 dagen lijkt voldoende
Aanpassing werkwijze AZ Groeninge
![Page 23: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/23.jpg)
CONCLUSIE
![Page 24: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/24.jpg)
• In vgl met identificatie van bacteriën/gisten:– Technisch moeilijker/langer
– Langere spectrumgeneratie
• In parallel met morfologische identificatie– Bevestiging expertise
– Steriel mycelium?
• Referentiedatabase?– Vitek MS < MSI platform
CONCLUSIE
![Page 25: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/25.jpg)
TO DO
1. Vitek MS Mould Kit
2. Dermatofyt agar
Conclusie
![Page 26: 15 MEI 2018 Identificatie van filamenteuze fungi](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022051906/62847b486fb19c41d81993d8/html5/thumbnails/26.jpg)