1 effets des organismes sur leur environnement ird, umr 137 s. barot
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1
Effets des organismes sur leur environnement
IRD, UMR 137 S. Barot
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Notions d’ingénieur des écosystèmes
Les différents types d’ingénieur des écosystèmes
La boucle de rétroaction ingénieurs- environnement
Etude par la modélisation
Evolution des activités d’ingénieur
Plan
LV 335, Effets de organismes , Barot
Conclusion
Interaction avec les autres organismes
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Notion d’ingénieur des écosystèmes
LV 335, Effets de organismes , Barot
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4
L’écologie c’est longtemps surtout occupé de relations entre espèces
Il est évident que l’environnement influence les organismes
LV 335, Effets de organismes , Barot
L’inverse est aussi vrai!
Proie
Prédateur
Hôte
Parasite
Organisme
Environnement
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LV 335, Effets de organismes , Barot
Relations trophiques /
Relations non trophiques
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Analogie avec les activités humaines
LV 335, Effets de organismes , Barot
Ingénieurs des écosystèmes (Jones 1994)
Idée que la plupart des organismes modifient leur environnement
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LV 335, Effets de organismes , Barot
Organisme ingénieur = organismes modifiant les propriétés physico-chimique de son milieu sans agir
directement sur un autre organisme
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Interactions indirectes avec d’autres organismes
L’effet de l’ingénieur n’est pas forcément proportionnel à sa taille ou à la densité d’individus
Conséquences
LV 335, Effets de organismes , Barot
Ingénieur
Environnement
Organisme 1
Organisme 2
Organisme n
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Les différents types d’ingénieur des écosystèmes
LV 335, Effets de organismes , Barot
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Autogénique : qui modifie le milieu par sa simple présence physique
Allogénique : qui modifie le milieu par son action, des échanges avec le milieu …
Allogénique / autogénique
LV 335, Effets de organismes , Barot
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Autotrophe / hétérotrophe
Cas des plantes
Cas des autotrophes et des hétérotrophes saprophages
LV 335, Effets de organismes , Barot
Cas des saprophages
Eau Selsminéraux
Zone de déplétion
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Eau, sels minéraux Matière organique morte
Utilisation d’une ressource non-vivante
LV 335, Effets de organismes , Barot
Effets physico-chimiques sur le milieu
Compétition avec les autres organismes
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Beaucoup de champignons
Beaucoup de macroorganismes des sols
Une grande variété d’organismes saprophages
LV 335, Effets de organismes , Barot
Beaucoup de bactéries
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Compétition avec les autres saprophages Modifie la MO, fournissant par là de la nourriture pour d’autres saprophages
De nombreux effets
LV 335, Effets de organismes , Barot
Change le milieu en dégradant la MO
Recyclage des nutriments
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Les plantes absorbent des nutriments minéraux (en particulier l’azote nécessaire pour les protéines)
Recyclage des nutriments
LV 335, Effets de organismes , Barot
La décomposition libère ces nutriments
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Les écosystèmes sont des systèmes ouverts
LV 335, Effets de organismes , Barot
Des organismes augmentent les entrées de nutriments
Des organismes augmentent les sorties de nutriments
Bactéries fixatrices d’azote Dénitrification
Organismes augmentant le lessivage
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Tous les effets des plantes
LV 335, Effets de organismes , Barot
Microclimat (lumière, température, vent)
Création d’habitat (canopée, racines)
Apport local de MO (litière + racines + exsudats)
Possible influence sur les entrées et sorties de nutriments
Diminution locale de la disponibilité en eau et nutriments
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Cas particulier
LV 335, Effets de organismes , Barot
Importance de la spatialisation
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Nombreux cas de végétation structurée
LV 335, Effets de organismes , Barot
Bandes de végétation ligneuse en zone tropicale
Bosquets en zone tropicale
Ligneux formant des ‘‘haies’’ dans les zones de tourbière
Rietkerk et al. 2004 TrEE
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Déplacement de la bande de végétation
Cas de la brousse tigrée
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Création d’habitat: exemple des récifs coralliens
LV 335, Effets de organismes , Barot
Le corail, les éponges et les algues construisent un support physique = habitat
Grande barrière de corail (Australie)
En plus des effets trophiques (corail comme base du réseau trophique) Protègent des vague. Nurseries. Support.
Abritent une très grande biodiversité
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Le fruit d’une association symbiotique
LV 335, Effets de organismes , Barot
Un cnidaire = polype, se nourrit de zooplancton
Une algue unicellulaire symbiotique = Zooxanthelles Fournit de la MO Recycle les déchets azotés des polypes Participe à la précipitation du calcaire en fixant le CO2
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Un écosystème menacé mondialement
LV 335, Effets de organismes , Barot
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LV 335, Effets de organismes , Barot
Notion d’espèce clef
Espèce qui par son rôle trophique, ou d’ingénieur influencent de nombreuses
espèces de l’écosystème ou ses propriétés fondamentales (production primaire...)
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Cas des vers de terre
LV 335, Effets de organismes , Barot
Vivent et se déplacent dans le sol
Nourriture?Matière organique du solLitière
Galerie
Plusieurs Groupes fonctionnels
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Consomme tout le sol en quelques années
Modifie la structure du sol (taille et stabilité des agrégats). Stabilité physique Pénétration des autres organismes
Galerie Augmente l’infiltration de l’eau Temps à augmenter le lessivage
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Incorporation de la MO
Fragmentation de la MO
Assimilation d’une partie de la MO ingérée
Stimulation d’une partie de la microflore
Participation à la décomposition de la MO
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Effets sélectifs sur la microflore (par exemple stimulation de bactérie dénitrifiantes, en général décroissance de la biomasse microbienne)
Structure l’habitat de tous les organismes du sol
Augmente en général la croissance des plantes Mécanismes?
Effet sur les autres organismes
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Isoptères (Ordre)
E des sols, Barot
Cas des termites
Très nombreuses surtout dans les régions tropicales
Mode de vie social comme les fourmis Existence de différentes castes
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Termites
E des sols, Barot
Aspect ingénieur Galerie Placage Termitières Buttes Récolte d’argile
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E des sols, Barot
Termites Effet sur le recyclage de la MO Consomment essentiellement de la matière organique végétale morte
Termites humivores Termites lignivores
Termites récoltant des restes d’herbacées
Comment digérer la cellulose et la lignine?
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E des sols, Barot
Termites Assimilation de la MO Symbioses avec des protozoaires intestinaux (qui contiennent des bactéries!)
Termites champignonnistes
Recyclage des nutrimentsCréation de taches de fertilité
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Structure spatiale d’une savane (Lamto)
Barot et al. Ecology 1999
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Mise en évidence d’une stratégie particulière d’exploitation du sol
Sous bosquet (sans Rônier)Hors bosquet
Densité racinaire (kg /m3)
Pro
fond
eur
(cm
)
Mordelet, Barot, Abbadie, Plant and Soil 1996
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La boucle de rétroaction ingénieurs-
environnement
LV 335, Effets de organismes , Barot
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Notion de boucle de rétroaction
LV 335, Effets de organismes , Barot
Cas d’une rétroaction positive
Cas d’un rétroaction négative
Organisme
Environnement
Changements qualitatifs et quantitatifs
Effet positif ou négatif ?
Organisme
Environnement+ -
tEnv
t et
Ing
Organisme
Environnement+
tEnv
t et
Ing
+
Est-ce la seule dynamique possible?
Est-ce réaliste?
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Cas de la rétroaction positive
LV 335, Effets de organismes , Barot
Exemples?
L’activité de l’organisme ingénieur favorise l’ingénieur (croissance, survie, fécondité …)
Cas des plantes fixatrices d’azote
Cas des bactéries saprophages
Enzymes
Nutriments
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38
Cas de la rétroaction positive
LV 335, Effets de organismes , Barot
L’organisme ingénieur construit sa propre niche
Cela peut lui permettre de coloniser des environnements ou sinon il ne pourrait pas survivre
Cela peut lui permettre de gagner la compétition contre d’autres organismes
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39
Cas de la rétroaction négative
LV 335, Effets de organismes , Barot
Exemples?
L’activité de l’organisme ingénieur défavorise l’ingénieur (croissance, survie, fécondité …)
Tous les cas où la modification des propriétés physico-chimique diminuent la disponibilité d’une ressource
Eau Selsminéraux
Zone de déplétion
Cas des vers de terre
Rétroaction négative = mécanisme de régulation = phénomène de densité dépendance indirecte
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Étude par la modélisation
LV 335, Effets de organismes , Barot
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Des dynamiques complexes
LV 335, Effets de organismes , Barot
Cas d’un rétroaction positive
Organisme
Environnement
Changements qualitatifs et quantitatifs
Effet positif ou négatif
tEnv
t et
Ing
tEnv
t et
Ing
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Pourquoi construire un modèle mathématique?
LV 335, Effets de organismes , Barot
Faire des prédictions générales
Comprendre les phénomènes observés sur le terrain ou au laboratoire
Expérimentation
Modélisation
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43
Modèle moyen
LV 335, Effets de organismes , Barot
2 équations
1 ( ) ( )E t E t C I t DE t
1I t I t I t a bE t I t
E : état de l’environnement I : densité d’ingénieurs
C : effet des ingénieurs sur l’environnement
D: retour naturel de l’environnement à son état normala : taux d’accroissement pour E=0 et I=0 b : effet de l’environnement sur le taux d’accroissement : densité-dépendance négative
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44
Exemple de résultats (on choisit des valeurs numériques pour les paramètres)
LV 335, Effets de organismes , Barot
200 400 600 800 1000
10
15
20
25
30
35
200 400 600 800 1000
20
40
60
Environnement Ingénieurs
tt10
20
30
20
40
60
Qu’observe-t-on?Les ingénieurs se maintiennent
La dynamique provoque une variabilité temporelle
La dynamique est cyclique
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45
Mécanisme
LV 335, Effets de organismes , Barot
t
Ingé
nieu
rs
t
Env
ironn
emen
t
Synergie IngénieurEnvironnement
Retour de l’environnement
Densité dépendancenégative
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46
Analyse mathématique
LV 335, Effets de organismes , Barot
Il existe des méthodes adéquates
Différents comportement possible Dynamique périodique Dynamique chaotique Extinction Équilibre
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47
Analyse mathématique
LV 335, Effets de organismes , Barot
Il existe des méthodes adéquates
Différents comportement possible Dynamique périodique Dynamique chaotique Extinction Équilibre
![Page 48: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/48.jpg)
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Dynamique spatiale
LV 335, Effets de organismes , Barot
Un ingénieur transforme localement son environnement
Un ingénieur transforme dépend de son environnement local
Dispersion de l’ingénieur
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Un programme de simulation
LV 335, Effets de organismes , Barot
Densité moyenne et état moyen constant de l’environnement constants
Apparition d’hétérogénéité spatiale
Variabilité temporelle locale (dans chaque case)
Apparition d’une structure spatiale
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50
Conclusions sur les 2 modèles
LV 335, Effets de organismes , Barot
La boucle de rétroaction ingénieur- environnement aboutit probablement à des dynamiques complexes
Elle conduit probablement à de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement et des densités d’ingénieurs
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51
Évolution des activités d’ingénieur
LV 335, Effets de organismes , Barot
![Page 52: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/52.jpg)
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Dans le cas d’une rétroaction positive
LV 335, Effets de organismes , Barot
L’ingénieur tire bénéfice de son activité d’ingénieur Des gènes déterminent ces activités d’ingénieurs Les activités d’ingénieur peuvent être sélectionnées par l’évolution
![Page 53: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/53.jpg)
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Notion de phénotype étendu (R. Dawkins)
LV 335, Effets de organismes , Barot
Environnement comme phénotype extérieur = étendu
Gènes
PhénotypeProtéines Sélection
Gènes
PhénotypeProtéines Sélection
Environnement
Activitésd’ingénieur
Rétroaction
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Cas d’une activité d’ingénieurs bénéficiant à tous les individus
LV 335, Effets de organismes , Barot
La production d’enzyme doit avoir un coup
Enzymes
Nutriments
Bactérie ne transformant pas son environnement
Bactérie transformant son environnement
Comment la production d’enzymes peut-elle être sélectionnée?
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Interactions avec les autres organismes
LV 335, Effets de organismes , Barot
![Page 56: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/56.jpg)
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Les modifications environnementalestouchent potentiellement toutes les espèces
LV 335, Effets de organismes , Barot
Ingénieur
Environnement
Organisme 1
Organisme 2
Organisme n
Effet indirect des activités d’ingénieur
![Page 57: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/57.jpg)
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Types d’interaction indirecte
LV 335, Effets de organismes , Barot
Création d’habitat
Fournit/utilise une ressource une ressource
Modifie l’habitat
![Page 58: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/58.jpg)
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Effet de la variabilité et de l’hétérogénéité
LV 335, Effets de organismes , Barot
Les ingénieurs créent de la variabilité spatiale et temporelles
Cela pourrait augmenter la biodiversité?
Créent de nombreuses niches
![Page 59: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/59.jpg)
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Inclure les ingénieurs dans les réseaux d’interaction?
LV 335, Effets de organismes , Barot
Un réseau trophique aquatique
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60
Les ingénieurs comme espèce clef?
LV 335, Effets de organismes , Barot
Influence très grande sur les autres espèces
Espèces à protéger
Influence les propriétés de l’écosystème
![Page 61: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/61.jpg)
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Conclusion
LV 335, Effets de organismes , Barot
![Page 62: 1 Effets des organismes sur leur environnement IRD, UMR 137 S. Barot](https://reader038.vdocuments.mx/reader038/viewer/2022110305/551d9da3497959293b8d4497/html5/thumbnails/62.jpg)
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LV 335, Effets de organismes , Barot
Interaction intime entre biotique et abiotique
Utiliser les ingénieurs en ingénierie écologique?
Problème évolutif