序列分析工具 :MDDLogo

961506 謝勝任961524 林宗慶

指導教授 : 李宗夷 教授

動機 現今生物序列不斷被解碼，我們可以在各

個生物資料庫中抓到序列資訊 , 但生物序列資料量龐大，我們應先將其做簡易分群，方便後續觀查。

目的 使用一種統計方式來將序列分群，並以網

頁方式呈現，使用者亦可下載 source code 使用。

使用工具

• 1.Weblogo

• 2.CHI-square

使用工具 (1)

• Weblogo ：一個將序列圖像化的網站， 用其呈現分類後的　樹狀圖，方便使用　者觀查分類後序列　群的特性。

使用工具 (2)

CHI-square 公式 :

• fi= 觀察次數• ei= 期望次數

k

i

k

i i

ii

i

ii

E

EO

e

ef

1 1

222

使用工具 (2)

分析流程• Step1:選擇分類特性，將各特性做成集合。• Step2:輸入序列長度、Central Position、Cluster Size。• Step3:輸入計算特徵分數方法(1.出現次數2.CHI-square)。• Step4:讀入FASTA格式的序列資料。• Step5:將序列依特性做CHI-square 計算，並得到序列各個位置

的分數。• Step6:在最高分的位置上，依選擇的特徵計算方式找出特徵集合。• Step7:將找出的位置和特徵集合當作分類依據來分類。• Step8:將分類後的序列儲存。• Step9:重覆step4~Step8 直到序列數量小於Cluster Size。 • Step10:程式結束。

分析流程圖

研究結果•

序列分類樹狀圖

分群內容

網址• http://140.138.150.149/~s961524/MDD/creat

e.php