分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編
TRANSCRIPT
![Page 1: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/1.jpg)
分子系統樹推定に適した 配列データセットの作成
田辺晶史
実習編
![Page 2: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/2.jpg)
![Page 3: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/3.jpg)
演習
● NCBI から Drosophila のミトゲノム全長配列を取得● COX2 領域の塩基配列を切り出す● COX2 塩基配列をアミノ酸配列に翻訳● COX2 アミノ酸配列を整列● COX2 の開始・終止コドンの配列除去● 整列したアミノ酸配列に基づいて COX2 塩基配列を整列● 16S rRNA 領域の塩基配列を切り出す● 16S rRNA 塩基配列を整列● 整列した 16S rRNA 塩基配列をトリミング● 配列 (OTU) 名を COX2 と 16S rRNA のファイル間で揃える
![Page 4: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/4.jpg)
Internet Explorerを起動
![Page 5: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/5.jpg)
キーワードに「NCBI 」と入力して Enter
![Page 6: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/6.jpg)
リンク先へ
![Page 7: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/7.jpg)
プルダウンメニューから「Taxonomy 」を選択
![Page 8: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/8.jpg)
キーワードに「Drosophila 」と入力して Enter
![Page 9: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/9.jpg)
リンク先へ
![Page 10: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/10.jpg)
リンク先へ
![Page 11: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/11.jpg)
リンク先へ
![Page 12: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/12.jpg)
キーワードに「 “complete genome” mitochondrion 」を追加して Enter
![Page 13: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/13.jpg)
リンク先へ
![Page 14: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/14.jpg)
チェックボックスにチェックを入れる
![Page 15: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/15.jpg)
チェックボックスにチェックを入れる
![Page 16: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/16.jpg)
クリック
![Page 17: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/17.jpg)
クリック
![Page 18: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/18.jpg)
プルダウンメニューから「GenBank 」を選択
![Page 19: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/19.jpg)
クリック
![Page 20: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/20.jpg)
クリック
![Page 21: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/21.jpg)
クリック
![Page 22: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/22.jpg)
クリック (Windows 7 では Alt キーを押してメニューを出してから )
![Page 23: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/23.jpg)
クリック
![Page 24: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/24.jpg)
右クリック
![Page 25: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/25.jpg)
クリック
![Page 26: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/26.jpg)
クリック
![Page 27: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/27.jpg)
右クリック
![Page 28: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/28.jpg)
クリック
![Page 29: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/29.jpg)
「Drosophila 」と入力してEnter
![Page 30: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/30.jpg)
ダブルクリック
![Page 31: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/31.jpg)
右クリック
![Page 32: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/32.jpg)
クリック
![Page 33: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/33.jpg)
クリック (Windows 7 では Alt キーを押してメニューを出してから )
![Page 34: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/34.jpg)
クリック
![Page 35: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/36.jpg)
extractfeat \ -type CDS \ -tag gene \ -value COX2 \ sequence.gb \ COX2.nuc.fas
… コマンド名… タンパクコード領域で…gene が…COX2 である部分を切り出す… 入力ファイル名… 出力ファイル名
COX2 領域の切り出し
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 37: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/37.jpg)
COX2 塩基配列をアミノ酸に翻訳
transeq \ -table 5 \ COX2.nuc.fas \ COX2.pep.fas
… コマンド名… 遺伝暗号表は 5 番 ( 無脊椎ミトコン )… 入力ファイル名… 出力ファイル名
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 38: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/38.jpg)
COX2 アミノ酸配列を多重整列
mafft \ --auto \ COX2.pep.fas \ > COX2.pep.aligned.fas
… コマンド名… やり方はおまかせ… 入力ファイル名… 出力ファイル指定
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 39: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/39.jpg)
デスクトップの MEGA5 のアイコンへドラッグ&ドロップ
![Page 40: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/40.jpg)
縦 1 列選択して Delete キーで削除
![Page 41: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/41.jpg)
スクローーーーーーーール
![Page 42: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/42.jpg)
縦 1 列選択して Delete キーで削除
![Page 43: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/43.jpg)
クリック
![Page 44: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/44.jpg)
クリック
![Page 45: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/45.jpg)
クリック ( 上書きする )本来は上書きしない方が良い
![Page 46: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/46.jpg)
クリック
![Page 47: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/47.jpg)
クリック
![Page 48: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/48.jpg)
クリック
![Page 49: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/49.jpg)
クリック
![Page 50: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/50.jpg)
整列済 COX2 アミノ酸配列をガイドにして COX2 塩基配列を整列
tranalign \ -table 5 \ COX2.nuc.fas \ COX2.pep.aligned.fas \ COX2_P.fas
… コマンド名… 遺伝暗号表は 5 番 ( 無脊椎ミトコン )… 未整列塩基配列ファイル名… 整列済みアミノ酸配列ファイル名… 出力ファイル名
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 51: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/51.jpg)
デスクトップのサクラエディタのアイコンへドラッグ&ドロップ
![Page 52: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/52.jpg)
クリック
![Page 53: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/53.jpg)
チェックボックスにチェックを入れる
![Page 54: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/54.jpg)
^>.+ \[CDS\] (.+) mitochondrion.+
矢印部にはスペースを入れる
![Page 55: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/55.jpg)
^>.+ \[CDS\] (.+) mitochondrion.+行頭
正規表現について
矢印部にはスペースを入れる
![Page 56: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/56.jpg)
^>.+ \[CDS\] (.+) mitochondrion.+あらゆる文字 1 文字以上
正規表現について
矢印部にはスペースを入れる
![Page 57: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/57.jpg)
^>.+ \[CDS\] (.+) mitochondrion.+直後の文字の特別な意味を打ち消す
正規表現について
矢印部にはスペースを入れる
![Page 58: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/58.jpg)
^>.+ \[CDS\] (.+) mitochondrion.+中の正規表現にヒットした文字列を記憶して参照できるようにする
正規表現について
矢印部にはスペースを入れる
![Page 59: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/59.jpg)
>$1
![Page 60: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/60.jpg)
>$1
正規表現について
検索で記憶した 1 つめの () 内の文字列
![Page 61: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/61.jpg)
クリック
![Page 62: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/62.jpg)
クリック
![Page 63: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/63.jpg)
置換後の状態を確認
置換後の状態を確認
![Page 64: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/64.jpg)
クリック
![Page 65: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/65.jpg)
スペース
![Page 66: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/66.jpg)
アンダースコア
![Page 67: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/67.jpg)
クリック
![Page 68: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/68.jpg)
クリック
![Page 69: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/69.jpg)
置換後の状態を確認
置換後の状態を確認
![Page 70: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/70.jpg)
クリック
![Page 71: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/71.jpg)
クリック
![Page 72: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/72.jpg)
16S rRNA 領域の切り出し
extractfeat \ -type rRNA \ -tag product \ -value l-rRNA \ sequence.gb \ 16S.nuc.fas
… コマンド名…rRNA コード領域で… 産物が…l-rRNA の領域を切り出す… 入力ファイル名… 出力ファイル名
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 73: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/73.jpg)
16S rRNA 領域の切り出し 追加分
extractfeat \ -type rRNA \ -tag gene \ -value lrRNA \ sequence.gb \ stdout \>> 16S.nuc.fas
… コマンド名…rRNA コード領域で… 産物が…l-rRNA の領域を切り出す… 入力ファイル名… 標準出力 ( 通常は画面 ) に出力… 標準出力の内容をファイルに追記
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 74: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/74.jpg)
16S 塩基配列を多重整列
mafft \ --auto \ 16S.nuc.fas \ > 16S.nuc.aligned.fas
… コマンド名… やり方はおまかせ… 入力ファイル名… 出力ファイル指定
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 75: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/75.jpg)
デスクトップのサクラエディタのアイコンへドラッグ&ドロップ
![Page 76: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/76.jpg)
クリック
![Page 77: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/77.jpg)
^>.+ \[rRNA\] (.+) mitochondrion.+
矢印部にはスペースを入れる
![Page 78: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/78.jpg)
>$1
![Page 79: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/79.jpg)
クリック
![Page 80: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/80.jpg)
クリック
![Page 81: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/81.jpg)
クリック
![Page 82: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/82.jpg)
スペース
![Page 83: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/83.jpg)
アンダースコア
![Page 84: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/84.jpg)
クリック
![Page 85: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/85.jpg)
クリック
![Page 86: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/86.jpg)
クリック
![Page 87: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/87.jpg)
クリック
![Page 88: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/88.jpg)
整列の怪しい部分をトリミング
trimal \ -in 16S.nuc.aligned.fas \ -out 16S.fas \ -automated1
… コマンド名… 入力ファイル指定… 出力ファイル指定… やり方はおまかせ
下記のコマンドを入力して Enter
「\ 」は「次の行に改行なしで続く」という意味であることに注意ただしスペースは入れること
![Page 89: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/89.jpg)
デスクトップのサクラエディタのアイコンへドラッグ&ドロップ
![Page 90: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/90.jpg)
クリッククリック
![Page 91: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/91.jpg)
\d+ bp
矢印部にはスペースを入れる
![Page 92: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/92.jpg)
\d+ bp
正規表現について
1 文字以上の数字
矢印部にはスペースを入れる
![Page 93: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/93.jpg)
空欄
![Page 94: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/94.jpg)
クリック
![Page 95: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/95.jpg)
クリック
![Page 96: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/96.jpg)
クリック
![Page 97: 分子系統樹推定に適した配列データセットの作成 実習編](https://reader030.vdocuments.mx/reader030/viewer/2022013115/55c3a408bb61eb32338b46f4/html5/thumbnails/97.jpg)
クリック